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微生物基因组学与医学研究前沿进展 精选

已有 7449 次阅读 2016-11-11 02:20 |系统分类:科普集锦| 基因组, 李兰娟, 微生物, IHMC, 微生物组

11月 9日,第六届国际人体微生态大会(IHMC 2016)在美国休斯顿召开。有来自全球近二十个国家,四百多人参与了会议。多位行业顶级专家分享了各自的最新研究结果,让我们一起来看看,微生物基因组学在医学研究方面的进展。

肠道菌群影响感染性疾病

来自浙江大学的李兰娟院士作了长达40多分钟的开场报告,信息量非常大。

李兰娟是中国工程院院士,浙江大学医学部教授、博士生导师,浙江大学附属第一医院主任医师、传染病诊治国家重点实验室主任、国家重点学科带头人。秦楠博士和李兰娟院士曾共同在《Nature》杂志上发表了一篇关于肝硬化和肠道微生物关系的文章。

在本次开场的报告上,李院士的报告题为:肠道菌群:一种新的靶向治疗传染病的领域(Gut Microbiota: A New Territory of Therapeutic Targeting for Infectious Disease)。报告中涉及李院士在感染领域和微生物领域的研究成果,包括肠道微生物与肝脏疾病,艰难梭菌感染以及HIV病毒感染等方面的研究成果。报告中提到了最新发现的,舌头上的微生物组成在肝硬化患者中具有明显的特征。此外,她还提到了用益生菌对上述一些疾病具有一定的改善作用。

肠道微生物研究仍有许多问题需要解决---Dusko Ehrlich教授

Dusko Ehrlich教授是法国农学国家研究院(INRA)的研究人员,也是欧洲MetaHIT计划的主要实施和参与者。

在本次会议上,Dusko Ehrlich教授介绍了微生物研究面临的挑战(Challenges in Microbiome Research)。主要包括:标准化的流程仍欠缺,正常人的参考基因集需要多个地方的数据整合,临床数据和组学数据的整合,药物对肠道微生物检测结果的影响,个体的微生物的不稳定性以及微生物的恢复方法等都面临巨大挑战。

HMP项目都有哪些成果和新进展?--Owen White教授

Owen R. White是位于巴尔的摩的马里兰大学医学院流行病学和公共卫生部门的教授,也是基因组科学研究院生物信息学系主任(IGS)。这个部门的领导机构为人类微生物组计划的中央数据存储库或协调数据分析中心(简称HMP DACC)。

Owen R. White个性十足,不仅留着黑白色的胡子,左耳朵上还带着一个大耳环。在本次大会上,他分享了人体微生物组项目(HMP)的前景和走向未来的一步(Perspectives from the Human Microbiome Project and a Step Toward the Future)的报告。在这个报告中,他回顾了HMP项目的历史,以及HMP项目取得的成就。该项目用元基因组测序的方法检测了2280个样本,包括17个身体部位,3个采样时间点,还包括美国休斯顿和波士顿这两个城市。 此次的研究结果更新很多算法,注释结果有所提到,还提到了正在进行的基于多组学的人体微生物研究(iHMP)。

人体微生物研究的方向在哪里?--George Weinstock教授

George Weinstock教授是The Jackson Laboratory 的成员,关注微生物和传染病的研究,对新一代测序(NGS)技术和利用微生物宏基因组学进行传染病研究作了大量工作。开发了很多计算工具来管理基因组大数据。

在这次会议上,George Weinstock教授作了题为人类微生物组的进化研究和接下来三天的概述(Evolving Studies of the Human Microbiome and an Overview of the Next Three Days)的报告。在报告开始前,他先用几张片子介绍了一下美国大学的结果,他表示对“川普”当选表示惊讶。

在报告中,他还对比了美国的HMP和欧洲的MetaHIT的差异。HMP侧重人体健康微生物组的检测,包括多个身体部位,不同人的微生物组成。MetaHIT则侧重肠道疾病,样本只有粪便,并且提出了“肠型”的概念。

在最后,他还提出了自己对人体微生物组研究的未来方向的看法。他认为将来的研究会越来越多的依赖计算机,云计算等技术。检测方法也不仅限于测序,基因芯片,流氏细胞仪和质谱分析等。

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