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No.1 空间群的原子环境计算:三斜晶体,对称之初
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C:\2026-V1-AEC-SP-1
以上是对应No.1号空间群的4个应用程序,名曰原子环境计算(AEC),是编译后的EXE程序,不需要安装,点击就可以运行。
三斜晶系(Triclinic, a ≠ b ≠ c, α ≠ β ≠ γ),只有2个空间群:1号空间群和2号空间群。No.1空间群对应点群C1,点群C1只有1个元素,就是e单位元素。No.2空间群对应点群Ci,点群Ci有2个元素:1个i反演元素,1个e单位元素。啥叫反演,就是把原子坐标,从(x,y,z)变成(-x,-y,-z),反之亦然,这就是所谓的空间反演操作。
地球(壳)的主要成分是氧和硅,占比75%。氧和硅可组成矿物SiO2,就是所谓的石英,是一个具有多种结构的晶体。
古人云:石破天惊。
把一块大石头破碎成一堆小石头,它们还是石头,不值得大惊小怪,连人都不怕,难道天会害怕?
古人说的“石破天惊”,不是石头破了,应该是石头的“对称性”破了。石头的对称性破碎了,这才是天大事情!
唐朝诗人李贺有诗句:“女娲炼石补天处,石破天惊逗秋雨”。
建议有条件的人在“女娲炼石”的地方,测量SiO2的晶体结构,看是否多属于No.1空间群。因为无对称之道,道之始也。
以上PPT就是No.1空间群的SiO2晶体的CIF实验数据,这样的石头(SiO2)就是“对称之初”的石头。从道家的观点看,女娲炼的,应该就是这种石头(SiO2)。
No.1空间群只有1种点位,也就是1a(x,y,z)占位。这种SiO2的三斜晶胞里有12个原子,分别占位1a-1-Si(x1,y1,z1),1a-2-Si(x2,y2,z2),---,1a-4-Si(x4,y4,z4),1a-1-O(x5,y5,z5),1a-2-O(x6,y6,z6),---,1a-8-O(x12,y12,z12),这12个原子虽然都占位1a,但是,它们属于不同占位,如果成键,在EET的计算中,Ik(A,B)=2,为什么?
在No.225空间群里,有个点位192l-(x,y,z),原子坐标(x,y,z)必须满足Oh点群(48阶)和4个平移矢量的对称性操作,也就是说(x,y,z)的集合{x,y,z}包含192个坐标,对应192个原子。换句话说,在晶体结构CIF文件中,原子坐标(x1,y1,z1)对应192个原子,标记为{x1,y1,z1};原子坐标(x2,y2,z2)对应另外的192个原子,标记为{x2,y2,z2}。用Oh点群和4个平移矢量操作(x1,y1,z1),得到的新原子坐标只能落在{x1,y1,z1}里,而不会跑到{x2,y2,z2}里,这是230空间群所定义的。因此,对于230空间群,所谓的占位相同或占位不同,不是随便说的,而是根据点群对称性和平移对称性定义的。因为(x1,y1,z1)和(x2,y2,z2)在Oh点群和平移操作下,互不等同,因此(x1,y1,z1)和(x2,y2,z2)占位不同。也就是说,在No.225空间群,192l-1-Si(x1,y1,z1)和192l-2-Si(x2,y2,z2)占位不同,在EET的计算中,IK(A,B)=2。此时,你回到No.1空间群,就容易理解,在晶体SiO2的晶胞里的12个原子,它们占位各不相同,计算EET等同键数时,IK(A,B)=2因为余瑞璜先生是根据空间群定义的,而空间群就是这么说的,IK(A,B)=2。
如果占位相同,原子环境就应该相同,否则就是占位不同。原子环境的一种描述方法,就是局域团簇结构,也可以称为晶体的壳层结构,就像原子的壳层结构一样。以晶体中的任何原子为参照,3D地观察周围,原子都是一层一层的,这就是局域团簇结构,也是一种壳层结构。
对于fcc的Al晶体(空间群No.225),团簇结构很简单,在5埃范围内只有3层,第1层键长2.8680,有12个原子;第2层键长4.0560,有6个原子;第3层键长4.9676,有24个原子。这就是铝晶体的壳层结构,很简单。
对于hcp的Zn晶体(空间群No.194),团簇结构比铝就复杂,在5埃范围内只有6层,第1层键长2.6649,有6个原子;第2层键长2.9128,有6个原子;第3层键长3.9478,有6个原子;第4层键长4.6159,有6个原子;第5层键长4.7631,有12个原子;第6层键长4.9470,有2个原子。这就是锌晶体的壳层结构,比铝的多3层。
对于刚玉Al2O3晶体(空间群No.167),Al原子和O原子占位不同,有两种团簇结构,分别是以Al为参照中心的Al-Cluster和以O为参照中心的O-Cluster。
对于Al-Cluster结构,有16层,对于O-Cluster结构,有23层。如果用余瑞璜先生EET的语言说,对于刚玉Al2O3晶体,小于5埃的键共有29条,而铝晶体只有3条,锌晶体则有6条。对于SiO2(No.1空间群)晶体,小于5埃的键则有180条。由此可见,对称性越低,晶体的壳层结构就越复杂。现在再回到No.1空间群。
例如,对于属于No.1号空间群的石头(SiO2),以1a-1-Si为参照中心的团簇结构,和以1a-2-Si为参照中心的团簇结构,是不相同的,因为1a-1-Si和1a-2-Si属于不同的占位。
Shell 1
1a‑1‑Si | 1a‑2‑Si |
d = 1.6025 | d = 1.6255 |
1 × 1a‑8‑O | 1 × 1a‑5‑O |
(0.949, 0.2024, −2.0393) | (−0.0008, 0.1184, 1.3247) |
(0.8417, 0.368, 0.1627) | (0.3929, 0.6225, 0.7191) |
Shell 2
1a‑1‑Si | 1a‑2‑Si |
d = 1.6211 | d = 1.6312 |
1 × 1a‑1‑O | 1 × 1a‑2‑O |
(0.3905, 2.6354, −3) | (−1.8637, −0.4824, −0.5097) |
(0.6811, 0.6497, 0.0038) | (0.1778, 0.3886, 0.4157) |
d = 1.6258 | d = 1.6338 |
2 × 1a‑3‑O | 2 × 1a‑6‑O |
(−1.4413, 0.6642, −2.844) | (−2.4221, 1.3142, 1.341) |
(0.3873, 0.3721, 0.0296) | (−0.1664, 0.7997, 0.7218) |
Shell 3
1a‑1‑Si | 1a‑2‑Si |
d = 1.6377 | d = 1.6354 |
1 × 1a‑7‑O | 3 × 1a‑7‑O |
(−0.6076, 1.7818, −0.6342) | (−0.6076, 1.7818, −0.6342) |
(0.3361, 0.7118, 0.3951) | (0.3361, 0.7118, 0.3951) |
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