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Pm21的“盖头”被完全掀开——有着一张熟面孔

已有 5334 次阅读 2017-8-20 12:04 |个人分类:文献推荐|系统分类:论文交流| 小麦, Pm21

按照惯例,正式开始之前需要加点私货。昨天我们推送了今年与小麦有关的国家自然科学基金,但是少了大概1/3今天的第二条已经补全了,另外也提供了一个在线完整版供大家进一步查阅。


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前边给大家推送过关于Pm21的解读,这是传送门:Pm21,掀起你的盖头来

就在今天生物预印本网站bioRxiv上在线一篇关于Pm21的文章,题目是:Map-based cloning of thegene Pm21 that confers broad spectrum resistance to wheat powdery mildew。这一次应该是毫无疑问的将Pm21的盖头完全掀起来了。作者是江苏大学何华纲副教授和江苏省里下河地区农科所别同德研究员。

这个基因与邢莉萍副教授那篇论文里报道的基因NLR1-V应该是同一个基因。这只是小编的猜测,因为一来文章没有引用和讨论这篇3月份发表在bioRxiv的文章, 二来没有找到基因的序列。等到正式发表时也许会提供详细的比较分析。虽然两者所用的方法不同,但是应该是殊途同归。

这也是以前提到的按部就班的进行图位克隆时,如果有首选的候选基因,不妨适当跳跃下。试想一下,我们图位克隆的基因,竟然被别人利用同源克隆的方法提前克隆和报道了,这恐怕一万点伤害都不止,甚至可以说是暴击啊⚡️⚡️⚡️。普通小麦的遗传多样性不算高,一个遗传效应很高的基因可能有很多人在做,如果做出来不止基因一样,连等位变异都完全一样,没有抢占先机发表,这多半是废了。如果实验室某一方面研究经验有限,一定要尽快找合适的实验室展开合作,卡在实验技术上,这是决不可原谅的行为。因为这个原因被别人先发,请躲到角落抹眼泪去吧。再者,多个课题组合作可以拿到更多的数据,更有能力冲击高水平杂志。毕竟现在一篇文章只讲图位克隆加简单的基因功能分析发表高水平期刊的概率很低。当下越来越多的高水平文章是由多个研究团队合作完成的。所以研究者良好的人脉和品行变得越来越重要,未来的大佬们赶紧加入我们吧!。

为了克隆Pm21,作者使用了图位克隆比较基因组学BSMV-VIGS突变体分析转基因的方法来证明基因DvRGA2就是Pm21。我们在前边的推送里提到过图位克隆Pm21比较困难,这是因为Pm21是来自簇毛麦的外源基因,导入普通小麦后不容易发生重组与交换,并且收集的簇毛麦种质都高抗白粉病。那么本文是如何实现图位克隆Pm21的呢?

本文的亮点所在就是收集白粉病的簇毛麦新种质。收集的110份簇毛麦种质中,4份高感白粉病生理小种YZ01。利用抗病和感病的簇毛麦材料为亲本构建F2群体进行遗传定位和图位克隆。剩下的就是使用各种方法证明候选区间的基因哪个是真正的Pm21了。这里就不在介绍了,有兴趣的请看原文吧。

另外本文克隆的基因是一个CC-NBS-LRR类型的基因,而这种类型的基因提供的抗性一般是小种特异抗性,而这里却是一个广谱抗性基因。可能的解释是Pm21是一个相对古老的抗白粉病基因,能够识别不同白粉病生理小种之间保守的效应子。

本篇文章算是一个经典的图位克隆的例子,包括后边使用几种方法在候选基因中锁定真正的Pm21。Pm21的克隆工作也许可以画一个句号了。

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1 朱晓刚

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