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最近,我们利用355份普通小麦解析了中美两国现代小麦育种选择的异同,详见https://academic.oup.com/plcell/advance-article/doi/10.1093/plcell/koad229/7255835。
文章的相关数据已上传国家基因组科学数据中心。原始数据可通过在网站检索CRA005878登录号即可,或访问网址(https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA005878)进行下载。基因型vcf文件,可检索GVM000315或通过网址(https://ngdc.cncb.ac.cn/gvm/getProjectDetail?project=GVM000315)下载。
此外,为了让大家更快的检索自己感兴趣的基因,我们也将基因型文件放到小麦多组学网站上了,大家可通过中国春1.0(Chinese_Spring1.0)的JBrowse浏览器访问,输入基因ID并勾选该基因型track即可。如下图所示:
image-20230903174835910点击感兴趣的位点,既可以看到每个材料的基因型了,然后复制粘贴到表格,编辑下格式就好了。
样本编号,请参考我们的文章,或者点击track旁边的小三角,下载。如下图所示:
image-20230903175534520此外,本研究也产生了660k SNP的基因型文件,也可以通过我们网站下载和访问。
image-20230903175955869特别提醒,如果没有看到该数据集,请清除下浏览器缓存下试试。
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