mashengwei的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/mashengwei

博文

小麦多组学网站更新355份普通小麦基因型

已有 962 次阅读 2023-9-3 20:51 |系统分类:论文交流

小麦多组学网站更新355份普通小麦基因型

image.png

最近,我们利用355份普通小麦解析了中美两国现代小麦育种选择的异同,详见https://academic.oup.com/plcell/advance-article/doi/10.1093/plcell/koad229/7255835

文章的相关数据已上传国家基因组科学数据中心。原始数据可通过在网站检索CRA005878登录号即可,或访问网址(https://ngdc.cncb.ac.cn/gsa/browse/CRA005878)进行下载。基因型vcf文件,可检索GVM000315或通过网址(https://ngdc.cncb.ac.cn/gvm/getProjectDetail?project=GVM000315)下载。

此外,为了让大家更快的检索自己感兴趣的基因,我们也将基因型文件放到小麦多组学网站上了,大家可通过中国春1.0(Chinese_Spring1.0)的JBrowse浏览器访问,输入基因ID并勾选该基因型track即可。如下图所示:

image-20230903174835910image-20230903174835910

点击感兴趣的位点,既可以看到每个材料的基因型了,然后复制粘贴到表格,编辑下格式就好了。image-20230903175137768

样本编号,请参考我们的文章,或者点击track旁边的小三角,下载。如下图所示:

image-20230903175534520image-20230903175534520

此外,本研究也产生了660k SNP的基因型文件,也可以通过我们网站下载和访问。

image-20230903175955869image-20230903175955869

特别提醒,如果没有看到该数据集,请清除下浏览器缓存下试试。




https://blog.sciencenet.cn/blog-1094241-1401351.html

上一篇:使用python在word的指定位置插入excel关键字段
下一篇:类chatGPT推荐
收藏 IP: 59.50.41.*| 热度|

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2024-2-22 01:58

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部