十几万组装一个小麦基因组，有可能吗？

我想是有可能的。这个可能是建立在PacBio Revio平台之上的。Revio平台是由PacBio公司于2022年底宣布推出的最新一代的高通量长读长测序系统，具有长读长、准确度高、测序覆盖度均一。新一代Revio三代测序平台能够大幅提高通量并显著降低测序成本，同时具备“既长又准”的优势，可以轻松实现大规模群体基因组项目的全类型变异检测。目前得到的消息是，Revio平台的下机数据可达到100G。

根据目前测序的进展，我们不难想象获得一个小麦基因组的成本将会越来越低，未来有一天最大的成本可能是计算与分析的成本。但是，即使PacBio Revio平台出现，目前组装一个染色体水平的小麦基因组的花费至少也得40万起。这里包括测序和分析的成本，以及人力成本。如果再加上周边数据，如转录组，表观组数据等，测序和分析的费用会更高。

我进行了一个计算，如果一个cell产出是80-100G，那么测4-5个cell就是320-400G，也就是20-25倍的小麦基因组(16G)。这个测序深度做基因组组装是没有问题的，组装出来的结果要比中国春2.1相当或更好。

测序的成本目前是固定的，那么分析成本呢?

当然了，测的越多越便宜。但是测多了，总花费也就多了，除非有专门的经费，否则一个实验室很少有这么多预算。但是，如果我们进行团购呢？

通过接触相关的测序平台，团购这个事可以成。

但压力来到我这边了，到底有多少人肯花钱测基因组呢？

目前敲定的团购方案如下：

交付结果包括：

1. 组装至染色体水平的小麦基因组

2. 基因组的转座子和基因注释

3. 基因的功能注释

4. 与中国春、Fielder基因组的共线性分析结果

5. 基因组在线BLAST和区间序列调取（可选）。

6. 功能已知基因的优异单倍型分析。

注意：

1. 组装仅基于PacBio Revio产出的HiFi reads。后续可选择是否加测Hi-C等其他数据。

2. 本次活动的截止日期是2023年12月31号，目前样本仅接受普通小麦及其祖先种。

3. 本项目达到10个基因组就以约定价格开测，达不到10个，价格再议。

4. 本项目不适用于T2T组装。

5. 本项目不组织统一发表文章，各自负责各自测序的材料，并且相互之间不共享信息。

我们也为本次团购起了一个口号：

每个小麦品种和优异的种质资源都值得拥有自己的基因组！！！

如果你正在克隆基因，但中国春等已发表基因组没有这个基因或基因组存在结构变异；如果你实验室正以某几个材料为基础进行研究；如果你育成了一个好品种，想要解析好在哪里；如果你有一个好品种，未来想要评奖，那就快快联系我们。

有意向的老师，欢迎加我的微信(wheatgenome)了解详情。