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十几万组装一个小麦基因组

已有 980 次阅读 2023-7-4 14:14 |系统分类:观点评述

十几万组装一个小麦基因组,有可能吗?

我想是有可能的。这个可能是建立在PacBio Revio平台之上的。Revio平台是由PacBio公司于2022年底宣布推出的最新一代的高通量长读长测序系统,具有长读长、准确度高、测序覆盖度均一。新一代Revio三代测序平台能够大幅提高通量并显著降低测序成本,同时具备“既长又准”的优势,可以轻松实现大规模群体基因组项目的全类型变异检测。目前得到的消息是,Revio平台的下机数据可达到100G。

根据目前测序的进展,我们不难想象获得一个小麦基因组的成本将会越来越低,未来有一天最大的成本可能是计算与分析的成本。但是,即使PacBio Revio平台出现,目前组装一个染色体水平的小麦基因组的花费至少也得40万起。这里包括测序和分析的成本,以及人力成本。如果再加上周边数据,如转录组,表观组数据等,测序和分析的费用会更高。

我进行了一个计算,如果一个cell产出是80-100G,那么测4-5个cell就是320-400G,也就是20-25倍的小麦基因组(16G)。这个测序深度做基因组组装是没有问题的,组装出来的结果要比中国春2.1相当或更好。

测序的成本目前是固定的,那么分析成本呢?

当然了,测的越多越便宜。但是测多了,总花费也就多了,除非有专门的经费,否则一个实验室很少有这么多预算。但是,如果我们进行团购呢?

通过接触相关的测序平台,团购这个事可以成。

但压力来到我这边了,到底有多少人肯花钱测基因组呢?

目前敲定的团购方案如下

 样本数价格
10Y≤2019.8万
20<Y≤5017.8万
50<Y≤10015.8万
Y>10013.8万

交付结果包括

  1. 组装至染色体水平的小麦基因组

  2. 基因组的转座子和基因注释

  3. 基因的功能注释

  4. 与中国春、Fielder基因组的共线性分析结果

  5. 基因组在线BLAST和区间序列调取(可选)。

  6. 功能已知基因的优异单倍型分析。

注意

  1. 组装仅基于PacBio Revio产出的HiFi reads。后续可选择是否加测Hi-C等其他数据。

  2. 本次活动的截止日期是2023年12月31号,目前样本仅接受普通小麦及其祖先种。

  3. 本项目达到10个基因组就以约定价格开测,达不到10个,价格再议。

  4. 本项目不适用于T2T组装。

  5. 本项目不组织统一发表文章,各自负责各自测序的材料,并且相互之间不共享信息。

我们也为本次团购起了一个口号

每个小麦品种和优异的种质资源都值得拥有自己的基因组!!!


如果你正在克隆基因,但中国春等已发表基因组没有这个基因或基因组存在结构变异;如果你实验室正以某几个材料为基础进行研究;如果你育成了一个好品种,想要解析好在哪里;如果你有一个好品种,未来想要评奖,那就快快联系我们。


有意向的老师,欢迎加我的微信(wheatgenome)了解详情。




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