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近距离感受2024年诺贝尔化学奖 2024-11-07- 导读：在这个充满“爱”（ AI ）的年代，诺贝尔化学奖的荣耀之光照亮了三位杰出的科学家—— David Baker 教授与谷歌 DeepMind 团队的 Demis Hassabis 和 Joh ...
- 太太袁汇的故事 II：一个有影响力的人 2024-08-14
- 导言：上次写了一篇《太太袁汇的故事：一个有光的人》。这是第二篇，希望大家喜欢。 袁汇现在负责科普中心，常常需要接待来参观的中小学生。大家都知道，好 ...
- 去西班牙贝纳斯克镇参加《RNA结构与功能的计算方法》会议有感 2024-08-02
- 导言 ：从来没有参加过一次长达两周的学术会议。但当会议组织者 Eric 邀请我的时候，我毫不犹豫地答应了。这个每三年一次，坚持了近二十年的关于 RNA ...
- 大女儿哈佛毕业之后 2024-06-30
- 2021 年大女儿从哈佛本科的计算机专业毕业，决定直接步入社会工作，而不是去读研究生。想当年，我大学快毕业的时候，对于从来没有离开过学校的我，有进入社会 ...
- 半夜在酒店摔倒之后 2024-06-30
- 上海出一趟差，密集安排了三场报告。第二天半夜 2 点起床上卫生间，按照惯例，没有开灯，因为不想打断睡眠，没想到不知道被什么绊了一下，左胸重重地摔在坚硬 ...
- <出发：不断走出舒适区的科研生活之旅>新书首发分享会 2024-06-28
- 新书首发分享会 https://mp.weixin.qq.com/s/t4WDiHSgeyVU16HRM7IM5A 我在美国印第安纳大学做教授的时候，曾经有一个博士后，原来是学物理的，他当 ...
- 太太袁汇的故事：一个有光的人 2024-04-18
- 导言：我太太袁汇喜欢跟我讲讲她身边发生的事情。有些很有意思，我就情不自禁地插嘴，她觉得打断了她，要求等她说完。这可能是以前做中小学老师养成的职业习惯 ...
- 菠菜、天花板与诺贝尔奖：Karplus教授的科学传奇 2024-02-01
- 导读：去年夏天我去波士顿访问时，拜访了我的博士后导师 Martin Karplus教授。他问我知不知道他的自传《天花板上的菠菜》（Spinach on the Ceiling），我以为 ...
- RNA语言模型也来了！ 2023-11-10
- 最近语言模型ChatGPT在回答各类问题的范围、深度和准确度上的革命性进展，掀起了开发通用大语言模型的热潮。与此同时，这些语言模型在生物高分子蛋白质上 ...
- 万圣节露面的AlphaFold3，是trick还是treat（是给糖还是捣蛋）？ 2023-11-02
- 每年10月31日是西方的万圣节（Halloween），小朋友都喜欢在这个节日里打扮成各种各样的妖魔鬼怪，去邻居家门口大喊：“trick or treat (给糖还是捣蛋 ...
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- 周老师您好，我是华侨大学的一名学生，我最近再看您的这篇文章 RNA secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning ，尝试运行了 SPOT-RNA，生成的RNA结构预测图，有些碱基对的连线是绿色的，我不太清除这个绿色的连线是怎么来的，怎么通过用VARNA的命令行画出来的呢 ，特意来请教您。 我在utils.py 这个文件中看到了 用VARNA生成结构图的代码 subprocess.Popen( , stderr=subprocess.STDOUT, stdout=subprocess.PIPE).communicate() 里面这那个tertiary_b ... ...
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