博文
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我永远的神
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- 我太太是山东人。我认识的山东人，除了爱喝酒，就是喜欢吃面食了，特别是饺子，可以说是面食之王了。我太太也从小就特别喜欢吃饺子，常常因吃撑了而胃疼。后来她妈不得不限制她可以吃的个数，一次最多只能十个。我太太常说，饺子蘸蒜泥，是世界上最好吃的东西。 作为一个传承，她妈妈从小就让她学做面食，并教育说，“ ...
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切蛋白质分子，用牛刀能切出什么？
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- 导读： 俗话说杀鸡不用牛刀。假如用了牛刀，无论从哪里下刀，即一刀两断，这两块也无法自我组合满血复活，除非在恐怖片里；但是如果有医生在场紧急缝合，也许可以复活。在分子生物里面，一刀切向蛋白质所形成的两段，有“医生”帮助下能够复活的叫做辅助互补片段；在恐怖片中自我复合复活的叫做自我互补片段。我们课题 ...
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回国半年的感悟
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- 年年中秋，今又中秋，今年月儿分外圆。今年中秋是我出国36年后第一个在国内度过的中秋节日。全职回国工作半年 ， 得到了众多旧雨新知的关怀，感谢朋友们的帮助，祝大家中秋月圆梦圆。这里 我 记录一下回国的感悟。 半年来，首先明显感觉得到的是国内科研水平的飞升。回国后，我已经参加了多次会议，也访问了一 ...
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中澳两国人才迁居的比较：目前人才政策还缺什么？
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- 八年前，我被澳大利亚格里菲斯大学作为正教授引进，从美国移居到澳大利亚。今年三月我作为资深研究员全职加入深圳湾实验室，回到国内。在这里，我试着比较一下这两次迁居，供参考。 一、入境签证。 澳洲：我接收澳大利亚格里菲斯大学的工作后，学校直接启动为我申请永久居住，我自己网上就可 ...
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拜托，AI还没有在RNA结构预测上获得重大进展！
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- 昨天，几个科普公众号轰炸了朋友圈，下面是几个例子： “Science封面重磅：新型AI算法准确预测RNA三维结构 ” — 学术头条； “继AlphaFold之后又一结构预测里程碑，斯坦福团队AI算法精准预测RNA三维结构，论文为Science当期封面|专访”—DeepTech；“AI预测RNA结构登上Science封面，论文一作已成立药物 ...
- 七夕到，鹊桥今何在？
- 昨天是七夕，中国的情人节，却没有感觉到情人节的味道。在国外，情人节会有铺天盖地的广告，商店一般提前几个星期就张灯结彩，就怕这个节日被人遗忘了。我昨天在深圳出去买菜，商店却看不见什么七夕的痕迹。不过这样也好，因为我并不想被提醒，毕竟我现在就像当年的牛郎，只能与我在澳大利亚的织女遥遥相望，鹊桥今何在？ ...
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AlphaFold2是怎样实现蛋白质结构预测的1+2等于3的？
- 导读：2009年，我在马剑鹏 教授 所组织的 Telluride Workshop 作了关于《什么样的1和2会得到3：蛋白质的三维结构？》（ What are the ‘1’ and the ‘2’ that would lead to the ’3’ - the three-dimensionalstructures of proteins ） 的报告。现在， 这个1+2=3的问题终于被 AlphaFold2用 端 ...
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上哈佛、麻省理工的两个女儿是如何成长的？
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- 导读：今年三月份，在澳大利亚昆士兰州高中毕业的小女儿得到了麻省理工学院的录取通知，这是对她多年努力的一个肯定。小女儿在高中阶段的压力不小，因为大女儿四年前从同一所高中考入哈佛大学，不可避免的是大家会拿她跟姐姐相比。能够抗住这个压力，走出一条自己的路真不容易。录取消息传出来后，同学、朋友们都想知道她 ...
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SPOT-RNA-1D: RNA主链二面角的预测
- 导读： 许多疾病（包括癌症）跟非编码 RNA 相关，但是我们对它们的了解甚少，因为用于理解它们功能机制的结构很难被 X射线晶体衍射、核磁共振和冷冻电镜等物理方法所解析。没有机制的理解，就没有彻底解决疾病的手段，所以通过计算来预测RNA结构，大幅度提高其精度势在必行。长期以来，RNA结构的预测集中在二级结构 ...
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BRiQ-RNA: 一个对RNA近天然态结构的高精度优化修正的方法
- 导读 ：蛋白质和RNA结构的实验解析远远满足不了需求，计算预测成为必须。蛋白质结构预测难，RNA结构预测更难，而对预测的结构模型进行的高精度修正更是难上加难。以熊鹏博士为第一作者，詹剑博士和 我 为通讯作者，与中山大学的巫瑞波教授合作一起发展的BRiQ-RNA方法可以对接近天然态结构的初始RNA结构模型有效 ...
