周苑分享 http://blog.sciencenet.cn/u/yaoqizhou 论春语秋,谈科说学,声传言教。

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IP: 218.104.133.*   [40]陈俊杰   2021-9-10 22:58
周老师您好,我是华侨大学的一名学生,我最近再看您的这篇文章 RNA secondary structure prediction using an ensemble of two-dimensional deep neural networks and transfer learning ,尝试运行了 SPOT-RNA,生成的RNA结构预测图,有些碱基对的连线是绿色的,我不太清除这个绿色的连线是怎么来的,怎么通过用VARNA的命令行画出来的呢 ,特意来请教您。
我在utils.py 这个文件中看到了 用VARNA生成结构图的代码
subprocess.Popen(["java", "-cp", base_path + "/utils/VARNAv3-93.jar", "fr.orsay.lri.varna.applications.VARNAcmd", '-i', output_path + name + '.ct', '-o', output_path + name + '_radiate.png', '-algorithm', 'radiate', '-resolution', '8.0', '-bpStyle', 'lw', '-auxBPs', tertiary_bp], stderr=subprocess.STDOUT, stdout=subprocess.PIPE).communicate()[0]

里面这那个tertiary_bp是什么呢,奈何自己代码水平有限 没找到它。谢谢老师能百忙之中阅读我的留言,今天刚好是教师节,祝您教师节快乐,合家平安!嘻嘻
我的回复(2021-9-23 17:39):noncanonical base pairs.
IP: 223.75.69.*   [39]王一君   2019-12-20 12:06
周老师,您好!
本人是华中师范大学情报学在读硕士,目前正在进行虚拟学术社区系统有序度方面的研究,故发此问卷,恳请您拨冗填写以下问卷。本问卷实行匿名制,所有数据只用于统计分析,请放心填写。
链接如下:https://www.wjx.cn/hj/bi2jnusxz0e6lq1vdku84g.aspx
如果您对相关研究感兴趣,可以给我留言或者邮箱:1083634082@qq.com
再次感谢您的填写和支持!
IP: 128.4.12.*   [38]夏香根   2019-9-10 01:37
周教授好, 我现在搞清楚了, 表S1是2017年的22年CAREER排名, 表S2是2017年单年排名,而表S4是2018年(updated过后)的CAREER排名。我前一次看的是2018年CAREER排名。 不知道您可否在您的博文里把这几个表都介绍一下,变化还是不小的   。多谢周教授。夏香根
IP: 128.4.12.*   [37]夏香根   2019-9-9 21:21
周教授好,我今天早上(北京时间4点左右)下的表是DOI的,跟现在的表不一样了。麻烦问您一下,不知啥原因。多谢,夏香根
IP: 183.63.97.*   [36]陈长二   2018-9-29 09:42
周老师,非常有意思的工作,我很感兴趣,但是我这里下载不了全文,可否发我下: changer.chen@m.scnu.edu.cn.非常感谢
我的回复(2019-8-8 10:02):有email吗?寄到yaoqi.zhou@griffith.edu.au
IP: 180.106.217.*   [35]梁剑光   2018-9-28 18:04
多糖抗癌方面希望能有所启发和借鉴!欢迎合作:常州大学制药与生命科学学院 梁剑光
IP: 119.32.51.*   [34]黄玉源   2017-11-12 18:16
当然不是说大部分没有新意,只是显得还是比较的一般;也有少数是有较好新意的,因为,申报项目不能强求其过于的高水平,鼓励为主。但是跟风的确实还是多一些。那些较好的,往往是不列那些虚华的论文数字的,朴实和勤勉学风的。他们往往是做比较有用的理论和应用的学问。
IP: 119.32.51.*   [33]黄玉源   2017-11-12 17:52
望您继续为了国家的各项事业发展的稳步前进,再多写些好文
IP: 119.32.51.*   [32]黄玉源   2017-11-12 17:50
周教授,你的关于中国的学术的现在的那个评价法的评述之文是很好的文,也是对国家的热爱的人才写得了这样的客观的好文的。中国再这么搞的话,严重拖住了国家的各项事业的高水平的、稳步的发展。而是高投入,低效益的,高数字,低效益的学术表现而已。从我每年评几个省的重点自然科学基金、杰出青年基金和面上项目来看,那些动不动就列那些SCI文章数量和什么影响因子,以及其他论文数字的申报者,其实研究的内容不能让评估者有兴奋的地方,很一般的。但是为了同情少数人的经费少,只能同意给予一部分申报者资助的。你说的很综合和全相当全面的。
我的回复(2017-11-13 06:46):谢谢!
IP: 202.204.119.*   [31]信忠保   2017-8-23 12:40
我开车去过你们大学。
你们大学的校园,真是美极了。
校园的建筑,非常震撼!
您能在这所大学任教,真是幸福的事情。
IP: 219.232.199.*   [30]袁文昭   2016-6-27 13:35
首届科研人员创业大赛
http://v2.qun.hk/b/168154dde816
再好的技术束之高阁或深锁箱底也成为不了生产力,
再好的技术走不出实验室,不能走向工业化、走向产业化也成为不了生产力。
大赛口号:科技创业是第一生产力,乘着“双创”的列车迎接“中国制造2025”!
http://v2.qun.hk/b/168154dde816
IP: 222.89.212.*   [29]lk0703   2015-9-10 21:39
Dear Professor Zhou:
           It has been a long time since we last contacted, How have you been  these months ? I am very much appreciative of your instruction and guidance, You have always  been nice and kind ,  you are always on my mind.  It is a Chinese holiday today, Have a Happy Teachers Day!   
Yours Sincerely
keli
我的回复(2015-9-11 06:45):谢谢!
IP: 198.59.53.*   [28]代亮   2014-3-5 22:14
咦,周老师换照片了,很精神。
我的回复(2014-3-6 08:19):谢谢!
IP: 222.95.204.*   [27]孙东科   2013-9-24 10:45
周老师,您好!
我转载了您的博文:http://www.openbooks.cn/obs/?p=367
不知可否!
我的回复(2013-10-22 06:20):没问题!
我的回复(2013-9-26 08:07):没问题!
IP: 222.95.204.*   [26]孙东科   2013-9-24 10:45
周老师,您好!
我转载了您的博文。http://www.openbooks.cn/obs/?p=367
IP: 124.17.107.*   [25]孙超   2013-9-22 15:20
小女还是很强的哈,我做PCR还不如她呢!哈哈
IP: 218.76.28.*   [24]lcy123   2013-9-20 11:18
诚邀周老师参与,不胜感激!愧于打扰。http://www.diaochapai.com/survey/a3544933-e58e-4b13-9b0d-a75c69f10e15
IP: 1.83.78.*   [23]李蕾   2013-9-16 11:35
您好,我是南京理工大学经济管理学院管理科学与工程专业的一名博士生,最近想做一份用户打标签行为的调研(就是您在发表博文时会让您给博文添加标签),但是我缺少研究数据,恳请您在百忙中抽空帮我填写一份问卷,问卷大约需要您5分钟的时间,非常感谢您!!
      问卷地址是:http://www.sojump.com/jq/2709468.aspx 将此链接复制进浏览器的地址栏,然后按回车键即可,非常感谢您!!!
IP: 123.162.219.*   [22]lk0703   2013-9-10 22:20
Dear Professor Zhou:
On the voyage of life, you have kindled the light of hope for me. Your work has enriched my mind and broadened my horizons.
On this special day, We wish to express our everlasting feeling of gratitude and thankfulness.
Sincerely Yours
Keli
我的回复(2013-9-13 15:50):Thank you for your kind word. Keep in touch!

Yaoqi
IP: 202.101.72.*   [21]王震洪   2013-6-11 13:42
周教授,贵州大学招聘杰出人才和领军人物,你的条件超过了,是否可以考虑来我们学校工作。待遇比较优厚,贵阳也不太差,主要是湿润,但湿润还没有伦敦湿。差一点主要是阳光少,地形不平,现代化程度不亚于广州成都,这里环境挺好的,房子便宜,150万可买别墅了。待遇:180万年薪,平台500-1000万,500万科研费,住房补贴150万。详细请看我的博客。
我的回复(2013-6-11 15:47):谢谢你的留言。我现在不能分身。

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