写在前面

存储、可视化和分析生物数据的交互式生物Web应用程序是生物信息学领域的一个重要课题。在生物数据分析和生物信息学领域，R是最受欢迎的编程语言之一。然而，在Shiny工具包被RStudio公司于2012年开发之前，R用户搭建交互式Web应用程序面临不小的挑战。Shiny通过将R代码编译成HTML、CSS和Java脚本代码，使得生物信息学R用户甚至非程序员搭建交互式Web应用程序变得极其方便。本次就回顾一下基于R/Shiny开发的交互式生物Web应用程序（图1）。

图1 R/Shiny交互式生物Web应用程序综述论文

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内容

截止2021年7月份，有470多个交互式生物Web应用程序使用R/Shiny进行开发（图2）。综述论文《Development of interactive biological web applications with R/Shiny》围绕基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序发展，阐述内容主要包括基于R/Shiny构建的交互式生物Web应用程序取得的成绩、搭建一个R/Shiny应用程序的基本步骤、搭建R/Shiny应用程序的界面和服务所需要的通用R工具包、在云端部署R/Shiny应用程序以及R/Shiny在线资源。

图2 基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序开发情况

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基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序

该综述还提供了一个简单的实例引导用户基于R/Shiny搭建交互式生物Web应用程序（图3）。图形界面（图3A）出现的侧栏面板和主面板对应的代码区域（图3C和图3D）也被详细指出，里面尤其强调了两个脚本文件（ui.R和server.R）的重要性。具体的步骤，可以参见该综述或者Shiny主页（https://shiny.rstudio.com/）。

图3一个基于R/Shiny的交互式生物Web应用程序的结构和工作流程

后话

交互式生物Web应用程序面对的对象是普通用户，尤其是非程序员，最重要的特点是用户友好。然而，设计用户友好的交互式生物Web应用程序，需要不断的打磨图形界面和实现功能。

参考文献与链接：

[1] Jia L, Yao W, Jiang Y, et al. Development of interactive biological web applications with R/Shiny. Brief Bioinform. 2021;bbab415. doi:10.1093/bib/bbab415

[2] https://github.com/venyao/shinyReview

[3] https://shiny.rstudio.com/

更多背景知识如下：

1. 因果推理综述推荐一篇

2. 生物学家的机器学习指南

3. 基础模型的机遇与风险

4. 一份单细胞数据分析教程

号外，为了便于交流，我们为miRNA介导的ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志（ 2020_IF = 5.246）整了个专刊，主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接：https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。