CancerHallmarks.com：癌症特征富集分析工具

背景：“癌症特征”（Hallmarks of Cancer）概念是理解不同类型癌症共有基本原理的有用框架。然而，由于对这些特征的一组特定基因缺乏共识，使得比较和整合数据变得困难，从而导致不同研究中对癌症涉及的生物过程具有不同解释。在最近的研究中，Gyorffy等人通过结合来自多个图谱资源和科学文献数据，创建了一套共识的癌症特征基因。

方法：通过整合来自7项研究的信息，作者们确定了与10种癌症特征相关的6763种候选癌症特征基因。在可用资源中，基因数量有很大变化，在91到7779之间。作者们观察到与每个癌症标志相关的基因数量有巨大差异。跨越癌症特征的基因数量从574个(“enabling replicative immortality”)和3574个(“sustaining proliferative signaling”)之间不等。最少数量的基因与2011年发表的最新特征有关，这些特征是“enabling replicative immortality”和“sustaining angiogenesis”。作者们确定了6个与10种癌症特征相关的基因:TP53、AKT1、MAP2K1、CTNNB1、HRAS和PIK3CB。

结果：作为癌症特征概念的实际应用，作者们通过评估与总生存相关的基因来分析癌症特征的富集。仅分析错误发现率低于0.01、危险率大于1、阈值大于100的基因，以确保基因集具有足够的鲁棒性。“genome instability”特征在肝癌(p=1.0E-05)、肺癌(p=1.0E-05)和胰腺癌(p=0.00164)中最为突出。肾癌的“invasion and metastasis”较高(p=0.002)。胰腺癌和肺腺癌均富集“resisting cell death”(p=0.00096和p=0.037)。总体而言，虽然8种癌症类型在可用药基因中没有显著的特征富集，但胰腺癌的特征富集程度最高(10个中有5个)，这突显了该疾病的复杂性。这些结果突出了特征概念作为组织信息的宝贵工具的有用性，特别是在建立基因和生物功能之间的直接联系方面。

结论：作者们已经创建了一个与癌症特征相关的基因统一列表，并将数据整合到一个易于访问的在线工具CancerHallmarks.com中（图1，www.cancerhallmarks.com），使用户能够在他们自己的数据集中识别最相关的癌症相关“候选特征基因”。

图1 CancerHallmarks.com官网

参考文献

[1] Balazs Gyorffy et al., CancerHallmarks.com: A tool for the enrichment analysis of the cancer hallmarks. JCO 42, e15079-e15079(2024). DOI:10.1200/JCO.2024.42.16_suppl.e15079

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6. EMT基因数据库：dbEMT

7. ​EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC

12. 免疫信号通路关联的调控子数据库：ImmReg

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21. 生物信息资源平台：bio.tools

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23. 包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

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28. RMBase v3.0：RNA修饰的景观、机制和功能

29. CancerProteome：破译癌症中蛋白质组景观资源

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32. Open-ST：3D高分辨率空间转录组学

33. ​CanCellVar：人类癌症单细胞变异图谱数据库

34. dbCRAF：人类癌症中放射治疗反应调控知识图谱

35. DDID：饮食-药物相互作用综合资源可视化和分析

36. SCancerRNA：肿瘤非编码RNA生物标志物的单细胞表达与相互作用资源