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写在前面
其实,ceRNA工具包miRspongeR在5年前就上线了。当时,它的名字叫miRsponge。由于与ceRNA数据库miRSponge(http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/miRSponge/)名称非常类似,所以就改成miRspongeR了(上线时间自然只有2.5年了,如图1)。这几年,ceRNA网络识别方法没有多大变化。未来,有新方法会持续添加进去。
图1 R/Bioconductor工具包miRspongeR
动机
2016年写《Computational methods for identifying miRNA sponge interactions》综述论文(图2)时,结果部分需要案例分析。该案例需要比较已有ceRNA互作关系识别方法。因此,花费了一段时间才将已有识别方法收集完。收集完之后,感觉以后还会要用,重新找一遍挺麻烦的。所以,就想着统一用R语言把它们整合在一起算了,以备后续用。琢磨一下在Bioconductor上线,这样就有了ceRNA工具包miRspongeR。如果用得找,那就拿去用吧(用了不要忘记引用参考文献即可!,图3)。
图2 ceRNA互作关系识别方法综述论文
图3 R/Bioconductor工具包miRspongeR论文
架构
如图4,miRspongeR架构主要分为四个部分:输入数据部分(Input data)、ceRNA网络识别部分(Identification of miRNA sponge interactions)、ceRNA网络模块识别部分(Identification of miRNA sponge modules)以及验证和功能分析部分(Validation and analysis)。由于只是专注ceRNA识别结果与分析,所以没有融合可视化部分在这个包里面。如果想要结果可视化,相关的软件和工具包也很多。例如Cytoscape(https://cytoscape.org/),Gephi(https://gephi.org/)和R工具包igraph(https://igraph.org/)等。
图4 R/Bioconductor工具包miRspongeR架构
在ceRNA网络识别部分(Identification of miRNA sponge interactions),miRspongeR工具包提供了7种单一方法(miRHomology、pc、sppc、hermes、ppc、muTaME和cernia)和1种集成方法(integrateMethod),每种方法的特点参见表1。
至于miRspongeR中的其他部分就不多说了,感兴趣可以参见帮助文档(http://bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/miRspongeR/inst/doc/miRspongeR.html)自行琢磨了。
参考文献:,
[1] Le, T. D., Zhang, J., Liu, L., & Li, J. (2017). Computational methods for identifying miRNA sponge interactions. Briefings in bioinformatics, 18(4), 577–590. https://doi.org/10.1093/bib/bbw042
[2] Zhang, J., Liu, L., Xu, T., Xie, Y., Zhao, C., Li, J., & Le, T. D. (2019). miRspongeR: an R/Bioconductor package for the identification and analysis of miRNA sponge interaction networks and modules. BMC bioinformatics, 20(1), 235. https://doi.org/10.1186/s12859-019-2861-y
更多背景知识如下:
3. 什么?ceRNA竞争除了“单挑”模式,还可能有“组队”模式?
4. ceRNA,是与非!
为了便于交流,我们为ceRNA研究在Frontiers in Molecular Biosciences杂志( 2020_IF = 5.246)整了个专刊,主题为“Computational Identification of ceRNA Regulation”。投稿链接:https://www.frontiersin.org/research-topics/24340/。
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