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整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(9)

已有 1430 次阅读 2023-12-5 01:11 |个人分类:狂犬病防治|系统分类:科普集锦

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(9

Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯Nature Communications》发表研究论文(见参考文献),利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播,产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文,供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

结果(7)

7.经人类介导而传播的犬狂犬病毒的鉴定Identification of human-mediated transmissions of canine RABV

为了确定由人类介导而传播的狂犬病事件,我们整合了所有犬狂犬病毒的系统发生树中的传播事件,涉及距离长(超过2,000公里)传播速度快(超过100公里/)/或跨越宽濶水屏障的传播。在该进化树中观察到的14,640个亲-子节点的传播中,确定了1,131个是发生在不同国家之间的传播,其中232个发生在非相邻的国家之间。

在这232个传播案例中,我们根据传播速度(距离/时间)和传播是否跨越水屏障(6和补充表5)确定了43例特别有意义的传播。所确定的大多数传播以前没有报告过,并显示是通过人类流动而发生的隐性传播。值得注意的是,在此分析中忽略了未确定其祖先所在国家的节点。

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6: 在系统发生树上按确定的年代推断人类介导的狂犬病毒的引入。

人介导的传播以估计的亲代和子代之间的传播年代表示。在两个国家之间的传播在y轴上显示。在某些情况下,两国之间有多次传播。传播树的分枝(代表后代)的大小用线的宽度表示。例如,Mexico-Cuba(墨西哥-古巴节点( child node109个后代。

传播速度以一年内的地理距离(千米)表示,并由亲代与子代之间在人口最多的城市之间的距离和分枝(branch)长度计算。人为传播被定义为在相距2,000公里以上或被水体(如海洋)隔开的两个国家之间以超过200千米/年的速度传播。某些传播(由上标标识)可以链接到备有证明文件的介绍(见讨论)。由于可用的序列有限,该图只是描述了两国之间的进口情况,而未能标明进口的方向。

(未完待续)

参考文献:

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x 

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