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整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(7)

已有 885 次阅读 2023-11-30 21:21 |个人分类:狂犬病防治|系统分类:科普集锦

整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(7

Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus

法国巴斯德研究所等机构的Holtz等今年7月在国际权威科学杂志《自然通讯Nature Communications》发表研究论文(见参考文献),利用狂犬病毒基因组的全部和部分序列来分析历史上的狂犬病毒在国家之间的传播,产生了精确的年代测定和对其地理分布的可靠估计。

现分若干次译介此文,供国内关心犬狂犬病流行和控制的各界人士参考。 

结果(5)

5. 700年来由狗维持的狂犬病毒传播700 Years of canine-maintained RABV spread(3)

译者补充释疑:

  很多文明古国如中国的历史典籍中都明确记载:当地从数千年前开始就一直有狂犬病流行。但对世界各地当前和近几百年来流行的犬和其他食肉动物中的狂犬病毒毒株的系统进化分析表明,这些病毒株共同的祖先只有几百年的历史,它们与蝙蝠狂犬病毒的共同祖先也只有一千多年的历史。

  目前相关学术界一致认定:世界各国历史上更早出现的狂犬病毒全部都已自行灭绝,都早已终止了在世界各地的流行。而当前和数百年来在世界各国流行的狂犬病毒,都是在数百年前重新从蝙蝠传播到犬和其他食肉动物,然后再在世界各地重新传播开来。本文研究的就是近几百年来世界各地的狂犬病毒传播和演变的规律。

  通过区域分组,我们估计了西非RABV(狂犬病毒)的出现和维持始于1799(95% CI1761-1832年,图4a中沙拉绿色节点“1799 西非”;补充表4和图3)。我们可以在国家层面上进一步定义这种出现。在西非分支(West African clade中,我们看到了与中非共和国、塞内加尔和尼日利亚的序列相关的三个不同事件。主要节点估计是1933(1924-1943)出现在尼日利亚,包含的序列有97%属于-2Africa-2 分支

我们估计的世界性分支(cosmopolitan clade开始出现和维持的时间是1656(95% CI: 1627-1683),略早于之前的研究结论:1720(95% CI: 1642-1782)年和1730(95% CI: 1687-177326)(2)。这是第一项估计下游亚分支(subclades)祖先的地理起源的研究。在区域层面,我们的方法估计祖先起源为北美,可追溯到1656(4,黄色节点“1656北美”)

北美最有可能代表源自早期欧洲殖民美洲的序列。对于随后的亚分支,我们能够自信地推断出25个亚分支中23个的国家起源,以及25个先前定义的世界性亚分支(cosmopolitan subclades 25个的地区起源(补充表4)

我们可以进一步看到随后在1851(1836-1864年,图4a中的浅绿色节点“1851中美洲”)从北美(美国)传播到中美洲,导致1905年古巴的病例(1898-1911年,栗色节点“1905加勒比海”,参见图4b和图3)。我们还推断,AM2a(美洲2a)亚分是在1851(1836-1864)从美国传播到墨西哥的。在南美洲,可观察到在不同时期都有世界性分支额外地到达地区,但似乎并未广泛传播或取样不充分(补充表4,图3和图4)

犬狂犬病病例在东部和南部非洲的传播可以追溯到1805(1791-1818)从北美(早期欧洲殖民地)传入一个中间位置(西亚或东非之间,尚未确定),并最终于1826(1812-1837)传入东非。我们可以看到纳米比亚、南非和赞比亚(代表非洲南部和东部)之间的重复传播,这支持了之前的研究。

1805(1898-1911)从同一中间区域,犬狂犬病在1809(1794-1823)进一步传播到西亚,并最终传播到欧洲,导致1873(1863-1881)出现欧洲狐狸狂犬病(图4中的绿色节点“1873东欧”)。这是一个重要的节点,因为它是导致非输入性欧洲狂犬病病例出现的一个节点。CA1亚分支(subclades包含来自俄罗斯、乌克兰、拉脱维亚、塔吉克斯坦的序列,甚至显示传播到中国和蒙古的部分地区,据估计是在1924(1913-1935)通过俄罗斯出现的(3)

存在于西欧和中欧的犬狂犬病亚分支最有可能于1948(1940-1954)起源于德国,1968(1962-1973)起源于德国或波兰。有趣的是,这两个亚分支共享一个祖先节点,可以追溯到1931(1921-1938),估计是在德国或波兰。波兰也是1887(1873-1899)NEE亚分支的推断的祖先起源,导致立陶宛、拉脱维亚、爱沙尼亚和波兰出现病例(补充表4和图3)。在用PastML软件构建的压缩可视化图(https://github.com/amholtz/GlobalRabies/tree/main/data/ACR_Results)和重要分支列表(补充表4)上可以看到狂犬病出现的其他模式。

(未完待续)

参考文献:

Holtz, A., Baele, G., Bourhy, H. et al. Integrating full and partial genome sequences to decipher the global spread of canine rabies virus. Nat Commun 14, 4247 (2023). https://doi.org/10.1038/s41467-023-39847-x 

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整合现有基因组序列资料以揭示犬狂犬病毒在全球传播的规律(1) 2023-11-18

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