实例1的内容是基于前面讲述的分子力场进行分子对接的实践操作。

选用软件为MOE。MOE的界面操作比较简单，且会显示docking的过程，我认为比较适合教学展示。

选用体系为ATP和Remdesivir（REM）与新冠病毒的RNA聚合酶的分子对接，并简单比较两者与RNA聚合酶相互作用的异同。

1.     从蛋白质数据库（www.rscb.org）下载新冠病毒的RNA聚合酶的结构文件（pdb id： 7bv2），并在MOE中打开（File→open）。

可以看到这个结构中RNA聚合酶的活性位点中有REM分子，不过REM已经添加到RNA末端，有PPi（PYROPHOSPHATE）。

2.     处理蛋白（右侧的QuickPrep）。

这一步主要是补全缺失的侧链、加氢、质子化等。

3.     加载ATP和REM分子（之前课程中介绍ChemDraw时绘制的分子结构，mol2格式）（File→open）。点击下方的2D可以查看小分子的分子式。

4.     分子对接（Compute→dock）。

Poses中的30和5意思为共生成30个构象（poses），根据打分列出前5个，可以根据需要修改，我们这里就选用默认值30和5。refinement分别用Rigid Receptor和induced fit做两组对接，比较两种情况下得到的结构的异同。注意修改output文件名。

点击run之后，工作框会显示docking的过程，小分子的构象采样过程，在refinement选用induced fit的时候也是显示周围蛋白质残基的采样过程。打开上方的SVL会显示dock过程的进程。

5.     结果查看。结果会显示在Database Viewer中（三个底物，每个显示5个poses），其中包括打分、RMSD等。

具体结构可以通过Database Viewer中File→Browse查看。通过右侧的Ligand→ligand interactions可以查看每一个pose中ligand与蛋白的具体相互作用情况，如下图。