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如何搭建一个网页版的BLAST服务器

已有 6913 次阅读 2017-12-20 16:57 |系统分类:科研笔记| 小麦, 在线, blast, 本地

如何搭建一个网页版的BLAST服务器

胖丫今天跟我说：“师兄，再来给我调调网络呗？公共BLAST服务器太慢了，半天刷新不出来！”我说：“我们这是百兆宽带到桌面，刷新慢不是网络的问题，是你离人家的服务器太远了！L”胖丫一脸委屈的说：“要不我去人家有服务器的实验室申请个博士读读？”“……”

不知道大家平时用公共BLAST服务器时有没有遇到刷新慢的问题？或者想比对一些公共数据库中没有的个性化数据？今天，我们这里写一个简单教程，来教大家搭建一个网页版（图形界面）BLAST服务器，用来解决上述问题（当然，也可以解决胖丫读博士的问题）。在搭建BLAST服务器之前，你应该先准备一个Ubuntu（Linux）系统。至于Ubuntu系统的安装，网上有很多教程，大家可以自行搜索，比如https://jingyan.baidu.com/article/3c48dd348bc005e10be358eb.html。当然，你也可以将Ubuntu系统安装到自己电脑的虚拟机里。如果只是用来做BLAST服务器的话，对电脑硬件的要求着实不高，平时实验室用的台式机就好。

系统安装好之后，我们就可以开始安装BLAST服务器了，这类软件有wwwblast、viroBLAST和Sequenceserver（http://www.sequenceserver.com）。前面我们我们已经介绍过viroBLAST的安装及使用，今天介绍Sequenceserver。Sequenceserver相当于NCBI-BLAST（ncbi-blast+）的前端图形交互界面，是用Ruby语言写的，因此在安装之前应该先安装Ruby、Ruby编译环境（ruby-dev）以及Rbuy的软件包管理系统（rubygems-integration）。大家可以在bash里面输入下面的命令（命令输入完毕后要按回车执行 #开头的行是命令说明）：

#安装依赖软件包
sudo apt install ncbi-blast+ ruby ruby-dev rubygems-integration 
#安装sequenceserver软件
sudo gem install sequenceserver

这样软件就安装好了！接下来我们需要准备序列文件，也就是你要检索的数据库。一般来说，我们可以从公共的数据库比如EnsemblPlants（http://plants.ensembl.org/index.html）、NCBI、EBI等，下载fasta格式（压缩后为fa.gz格式）的文件，这里我们以水稻的第10号染色体为例，简单演示一下数据库的准备：

#利用wget命令从EnsemblPlants网站下载水稻10号染色体序列
wget -c ftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/plants/release-32/fasta/oryza_sativa/dna/Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.chromosome.10.fa.gz
#解压缩，就是将fa.gz文件加压为fa文件
gunzip Oryza_sativa.IRGSP-1.0.dna.chromosome.10.fa.gz
#利用sequenceserver格式化数据库, “./”代表序列文件存储在当前目录，要注意命令中的空格
sequenceserver -d ./-m

输入 sequenceserver-d./-m命令后，屏幕会出现类似下面的信息（汉字是操作说明）

数据库准备完毕之后就可以运行Sequenceserver了，命令也非常简单：

sequenceserver -d ./#运行sequenceserver，比格式化数据库少了一个 –m 参数

最后一步就是用网页浏览器，比如chrome、firefox等打开网页版服务器了：

在浏览器地址栏里输入 127.0.0.1:4567 #本机访问本机可以用这个地址，如果局域网内的其它机器访问的话需要先查出服务器的IP地址，命令为 ifconfig，然后将127.0.0.1替换为相应的IP地址。下图中eth0的IP地址为 192.168.0.104，在浏览器中输入 192.168.0.104:4567 即可（lo为回环网卡，请忽略：））。