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小麦B基因组的起源

已有 7085 次阅读 2017-3-22 22:19 |系统分类:论文交流| 小麦, 进化, B基因组

小麦B基因组的起源

  做小麦研究的基本都知道小麦B基因组之间相对A/D基因组要具有更高的基因组多样性,也即B基因组相对不保守。已经有不少研究探究B基因组的起源问题,当然都是在分子标记基础之上,这里有个别研究认为B基因组是多起源的。随着小麦基因组参考序列的公布以及测序技术的进一步发展,在序列水平上解析B基因起源已不是问题,14年science上的那篇文章虽然已经报道过,但我认为所采集物种较少,六倍体也只有中国春。

  鉴于我最近接触的六倍体小麦重测序数据,我更倾向于小麦B基因组是多起源的。由于数据量较少和缺少B基因组的祖先种序列,也不排除B基因组在自然进化和人工选择上经历了剧烈的选择从而导致这种B基因组见巨大的差异。

  说完这个说说刚刚看到的这篇文章吧,同样和B基因组有关。Transposon insertion resulted in the silencing of Wx-B1n in Chinese wheat landraces. 文章很简单,就是发现TE插入Wx-B1之后,导致功能丧失。这个TE是从3B染色体上剪切过来的,不是复制哟。还算是比较简单的一篇文章,让我想起了TaGS5-B1的情况,B1基因内部有两处TE插入,从表达水平来看,相比A1和D1,B1基因表达水平剧烈下降。也许补一些实验,也可以发发文章。

  小麦基因组巨大,在生物信息学分析时,眼光不要紧盯着基因区,绝大部分的非基因区藏着很多宝贝。这样巨大的异源多倍体是一个很好的研究研究基因组形成与进化的案例。当然,以目前的Illumina短测序来分析TE的变异情况还是有一定难度的。






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