刚才有个同学咨询构建进化树问题。 觉得有代表性，贴出来供大家参考。

感谢您及时回复我的邮件。由于我之前在构建进化树方面曾经遇到一些困难，所以我在看到您的文章之后，想从网上把您构建进化的序列下载下来详细学习，所以遇到以下几个问题：

1)      Fig.1 中所用到的构建进化树的序列，并不是所有您在 Table 1中所展示的物种中的序列，所以我想请问您Fig.1 中所用到的物种的序列，是基于分类关系所选择还是基于进化树所选择?

选择代表性物种，是基于分类关系。

Ps：这里fig1等是指我最近发表的文章。见前面一篇博客。

2)      您在构建这个进化树的时候用到的是氨基酸全长序列，但是也有些文章中的用的Domain序列，应该如何选择?

如果序列不是很多，比如几百条，建议用全长。  还有就是序列不是太保守，要是序列之间相似度不高，只有domain相似度比较高，可能用domain比较好。大多用全长挺好的。

3）我之前也曾基于已经公布的植物基因组数据，使用HMMER软件通过domain的编号来寻找蛋白质氨基酸序列，并构建进化树，但是所得到的进化树，

无论是用全长序列还是domain序列，在主要分支上的支持率都比较低（Mrbayes、ML、NJ），也曾结合protest软件选择最佳模型来构建发育树，但是结果也是不理想，您能给我一些好的建议吗？

序列比对完之后，你稍微看下你比对的结果，一些序列有明显差异的，就给去掉。另外一个办法，你做个NJ树，看看是不是有些序列跟谁也聚集不在一起，把这个序列删掉。在这个之后，你再画树看看。

另外，就是你选择代表性物种，不要弄很多。  

树不一定要支持度高就是好，，有的基因树本来就是那个样子，，哪就是那个样子。做树一般是进行分类，大多的树都是能把类分的清楚。  树是重构进化历史而已，能说明你想的问题就行。