2019年冠状病毒的起源

 2019年新型冠状病毒的英文名是2019 novel coronavirus，简写2019-nCoV.

2019年冠状病毒就是今年导致武汉肺炎的罪魁祸首。那么这个病毒是怎么来的？

根据基因组序列分析，其与2018年报道的两株蝙蝠携带的冠状病毒（SARS-like）最相似，如下图，红色序列是2019年冠状病毒序列，与两个蝙蝠寄主病毒序列聚集在一起。

根据进化树，2019年冠状病毒与两株蝙蝠些的冠状病毒聚集在一起，可以认为是2019年冠状病毒分支；2003的年SARS与其它蝙蝠携带的类似SARS病毒聚集在一起，是2003年SARS分支。这两个分支应该是有共同祖先。所以从某种意义来讲，2019年冠状病毒是SARS-like 或者直接认为是类似SARS病毒。

图1 2019年冠状病毒与其它冠状病毒进化树，来自高福团队刚刚在NEJM发表论文。

所以从上述结果来看，现在发现与2019年冠状病毒最相似病毒序列是两株蝙蝠携带的病毒序列，所以当前认为2019年冠状病毒最接近的祖先就是这两株病毒序列。说明2019年冠状病毒最早起源是来自蝙蝠。但是我们一般知道蝙蝠病毒不会直接传播给人类。就像禽流感只会通过猪传播给人类，因为鸟类的身上流感病毒不能与人的受体结合而感染人类，因为人类与鸟类的这个受体差别太远，只有能感染猪了，才能感染人类，因为人类与猪的这个受体相似。

类似的，2019年冠状病毒要从蝙蝠感染某种哺乳动物，然后才能传播给人类。如下图，2003年SARS的中间寄主是果子狸，MERS是骆驼。

图2 不同感染人的冠状病毒传播方式,来自Origin and evolution of pathogenic coronaviruses

，这些冠状病毒最开始寄主主要是蝙蝠和老鼠，中间寄主有果子狸（2003年SARS , SARS-CoV），猪，骆驼，羊和牛。

接下来就想知道，2019年冠状病毒与SARS和MERS有多像，有没有重组，以及与其最像似病毒序列到底有多像。我用了2019年冠状病毒与SARS，MERS和上面提到的与2019年冠状病毒最相似得两株蝙蝠寄主进行比较，如下图，确实与其最近的蝙蝠病毒序列很相似，特别是前面一部分，也就是1到14000个核苷酸位置几乎是相似90%以上（绿色曲线），但是后面就是与SARS差不多（绿色和黄色曲线）。说明2019年冠状病毒的14000到30000位置是来自那种病毒还不清楚。同时说明2019年冠状病毒可能是由不同冠状病毒的不同基因重组而来的。

武汉病毒所报道了一株蝙蝠病毒整条序列与2019年冠状病毒相似度在95%以上，说明这个蝙蝠病毒序列是2019年冠状病毒最近的祖先。

图3 用2019年冠状病毒基因组序列搜索一株蝙蝠病毒序列（SARS-like，前面说的与2019-nCoV最相似蝙蝠病毒序列） ,SARS基因组序列，MERS基因组序列，曲线分别是绿色，黄色和粉红色。横坐标是基因组的位置，纵坐标是相似度，从下到上是0到100%相似。

总结一下，2019年冠状病毒现在发现的最相似的祖先是蝙蝠身上的病毒，至于通过那种哺乳动物传播到人类还不知道，但是可以确定的是在华南海鲜市场贩卖的野生哺乳动物。