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评注：Phylogeography之父John C. Avise访谈
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刚刚看到黄晓磊老师发布的博文：Phylogeography之父John C. Avise访谈。找到英文原文，对感兴趣的部分作了一下对照阅读。我现在就是做phylogeography的，对这个领域也有很多自己的体会和看法，在此记录一下。本文结构也依循译文的顺序，不过从思路上来讲就很散了。
第一部分：
1. “（an ironic fact that）虽然群体遗传学和系统发生生物学从根本上都是解决遗传谱系的历史，尽管是在不同的时间尺度上，但两者联系非常少。”
（我还是不太习惯他们过多地使用ironic这个词。）两个学科分别对应不同的层次/板块，中间缺乏一个桥梁。在当年的Avise看来，两个如此理应有所联系的学科竟然如此割裂，确实有些不可思议，同时也是一个绝好的机会。正在寻找自己的研究方向的同学们注意了。
2. 溯祖理论（coalescent theory）确实是种群遗传学的一个核心理论，并且可以延伸到生物地理乃至种间进化关系的层次。作为本专业的学生，如果没学好这个理论，都不好意思说自己是科班出身的。
3. Avise：“我非常奇怪这个领域在核基因谱系的分析和解释方面并没有取得较大的进展。”
我也感觉很奇怪。怪不得到了今天还是很少有人用核基因做谱系地理。不过也难怪。核基因有两个难题：第一，来自父母的两套基因组可能分别有不同的迁移历史；第二，要考虑多个基因位点之间的重组。这一切都将要依赖于Avise提到的“多位点溯祖理论（multi locus coalescent theory）”。而且，如果说从单倍体数据推导的迁移路线还算简单，那么从二倍体数据得出的迁移路线就相对复杂，更有可能包含多个网络。要给出一套比较可靠的理论框架来用于推导这些路线，并用于检验那些路线更加可信，确实很不容易。
另外，从技术上来讲，获得核基因的序列大多需要克隆测序。考虑到做种群以及谱系地理往往需要检测成百上千个样本，其成本与麻烦程度不是一时能够解决的。
第二部分
4. Avise当年研究多个物种之后发现，“特定的系统地理格局有时会在自然界同域分布的多个物种中反复出现。”并为此感到吃惊。Riddle提醒他说，实际上在当时的1970年代，“基于隔离思想的生物地理学观点认为（种间）会存在一致性格局”，所以这也没什么好奇怪的。对此，Avise首先坦承自己当年的“幼稚或者无知（naivety or ignorance）”，但随之提出“大多时候我仍然倾向于坚持简单的零假设，即自然界缺少极端的一致性。（In any event, in most cases I still prefer to deem the simplest null hypothesis as being a general paucity of extreme consistency in nature.）"
从这件事情上就看出Avise的独到之处了。在有些学科/学界当中，一些约定俗成的所谓“规律”本来就不是什么过硬的东西，既没有坚实的逻辑基础，也没有不含例外的证据支持，只是由于传统或者历史的原因，才成为大家都能接受的“共识”。在自然科学/博物学领域中尤为如此。这些“共识”是有积极的作用的，毕竟它们集成了本领域专家的多年心血与经验，能够反映部分的客观规律。但是，如果把它们奉为铁律或者准铁律，就会犯两大类错误：1) 盲目怀疑、排斥不符合这些“规律”的研究结果，背离了科学精神；2) 一旦上述结果经过了充分的证实，就把它当成是一个很surprising的发现，大惊小怪。（很遗憾，这后一条已经成为了一种新的传统，不止在自然科学，甚至在很多其他领域也是如此。）
Avise当年也觉得那些发现很surprising，但他是基于“坚持简单的零假设”而感到惊讶，而不是基于本学科那些约定俗成的东西。这还是不一样的。（最近本想写博客论述一下这个问题，不过想想还是算了。谈这些太大的问题容易流于口水仗。）
5. “我一直是个本质上的博物学家，思维模式上的遗传学家，以及“无可救药的”研究者，我永远对生命世界感到惊奇，并希望通过新的智力创新来增进对它的理解。（I’ve always been a naturalist at heart, a geneticist in mindset, and an incurable academic who feels forever compelled to marvel at the biological world from novel intellectual vantages.）”
再一次感受到这一点。有些人总是觉得，要 marvel at something，要 be surprised at something，才说明你真的对这些东西感兴趣。也许是中英文语境不同吧。在我看来，这些表示惊奇的语言包含的一层意思就是感到意外。然而作为一个生物学专业出来的毕业生，我受到的教育是“在多样、复杂的生命世界中，只有你想不到的，没有你发现不了的”。因此我对于任何关于新物种、新现象、新机理的发现，从来都觉得没什么意外的，也就一点都不惊奇。然而这不说明我不感兴趣。
第三部分
6. Avise：“这里有一个专业上的建议：当你关注日常研究的细枝末节时，一定要至少让你大脑的一部分用系统思维模式来工作。（Even as you focus on the daily details of your research, always try to keep at least a part of your brain working in a broadly strategic or synthetic mode as well.）”
这句话我非常赞同，并且正在躬行。
7. Avise：“在我看来，当今一个重要的难题是，越来越少的年轻人能有机会真正接触美妙的大自然并因此被它迷住。我们怎么会关心情感上并不了解和爱的东西呢？”
我对这一类说法相当不同意。博物学家容易犯的通病就是把生活和工作混为一谈，把情感与理智熬成一锅。喜欢生物多样性和喜欢研究生物多样性绝不是一回事。喜欢研究生物多样性和能不能研究好生物多样性也是两个先验独立的问题，尽管可能有后验相关。
行走在植物园或者去野外拥抱大自然，看着各种各样的花草树木，闻着花香听着鸟叫，让各种虫虫在你的身上停息，这是一种惬意的生活。而要去追索它们是什么科、什么属的，结构怎么样，物候怎么样，行为有什么规律……那属于严肃的科学研究。我总是尽量避免把这两种状态掺杂在一起。在做前者的时候考虑后者，会影响我享受生活的心情，很煞风景。而在做后者的时候想着前者，会让我拿起解剖刀却下不了手。
我信奉的准则：喜欢TA，就不要研究TA。
8. Avise：“我觉得系统发生地理学同时吸收了隔离和扩散思想，特定的情况下两者共同作用并影响了遗传谱系的空间格局。”
就像我在上面第4点所说的，一些由于传统、历史原因留下来的“共识”也好，还是别的什么“识”也好，跟后来这些相对更加严谨的东西一比，全都变成了浮云。像“隔离”、“扩散”这些思想，仅仅代表了我们人类认识世界的特定阶段。它们曾经反映了一部分客观规律，但都有其历史的局限以及思维上的局限。我们还是得给它们记上一笔，但不宜过多纠缠。
9. Avise：“基因树（gene tree）和物种树（species tree）在理论和经验上的不一致性”，“实际上任何物种绝大部分的遗传历史隐藏在核基因组中”，等等。
这些就是谱系地理学在今后要研究的主要方向了，一定会催生很多重大发现～～
10. Avise：“这些公园应该建在哪儿不但取决于现有的生物多样性，而且要考虑历史方面——这些现有的多样性来自于哪儿？”
受教了。写毕业论文的时候必须往这个思路上靠。
我经常说我对这个领域失去了兴趣。但是兴趣这东西，谁说得清楚呢？无论如何，少说三年，多说11年，既然已经花了这么多时间在这个学科里，总得给自己有个交待。学会了什么，理解了什么，喜欢什么，不喜欢什么，还是要说出个一二三四来，以便往下一步迈进。
https://blog.sciencenet.cn/blog-351781-431655.html
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第一部分：
1. “（an ironic fact that）虽然群体遗传学和系统发生生物学从根本上都是解决遗传谱系的历史，尽管是在不同的时间尺度上，但两者联系非常少。”
（我还是不太习惯他们过多地使用ironic这个词。）两个学科分别对应不同的层次/板块，中间缺乏一个桥梁。在当年的Avise看来，两个如此理应有所联系的学科竟然如此割裂，确实有些不可思议，同时也是一个绝好的机会。正在寻找自己的研究方向的同学们注意了。
2. 溯祖理论（coalescent theory）确实是种群遗传学的一个核心理论，并且可以延伸到生物地理乃至种间进化关系的层次。作为本专业的学生，如果没学好这个理论，都不好意思说自己是科班出身的。
3. Avise：“我非常奇怪这个领域在核基因谱系的分析和解释方面并没有取得较大的进展。”
我也感觉很奇怪。怪不得到了今天还是很少有人用核基因做谱系地理。不过也难怪。核基因有两个难题：第一，来自父母的两套基因组可能分别有不同的迁移历史；第二，要考虑多个基因位点之间的重组。这一切都将要依赖于Avise提到的“多位点溯祖理论（multi locus coalescent theory）”。而且，如果说从单倍体数据推导的迁移路线还算简单，那么从二倍体数据得出的迁移路线就相对复杂，更有可能包含多个网络。要给出一套比较可靠的理论框架来用于推导这些路线，并用于检验那些路线更加可信，确实很不容易。
另外，从技术上来讲，获得核基因的序列大多需要克隆测序。考虑到做种群以及谱系地理往往需要检测成百上千个样本，其成本与麻烦程度不是一时能够解决的。
第二部分
4. Avise当年研究多个物种之后发现，“特定的系统地理格局有时会在自然界同域分布的多个物种中反复出现。”并为此感到吃惊。Riddle提醒他说，实际上在当时的1970年代，“基于隔离思想的生物地理学观点认为（种间）会存在一致性格局”，所以这也没什么好奇怪的。对此，Avise首先坦承自己当年的“幼稚或者无知（naivety or ignorance）”，但随之提出“大多时候我仍然倾向于坚持简单的零假设，即自然界缺少极端的一致性。（In any event, in most cases I still prefer to deem the simplest null hypothesis as being a general paucity of extreme consistency in nature.）"
从这件事情上就看出Avise的独到之处了。在有些学科/学界当中，一些约定俗成的所谓“规律”本来就不是什么过硬的东西，既没有坚实的逻辑基础，也没有不含例外的证据支持，只是由于传统或者历史的原因，才成为大家都能接受的“共识”。在自然科学/博物学领域中尤为如此。这些“共识”是有积极的作用的，毕竟它们集成了本领域专家的多年心血与经验，能够反映部分的客观规律。但是，如果把它们奉为铁律或者准铁律，就会犯两大类错误：1) 盲目怀疑、排斥不符合这些“规律”的研究结果，背离了科学精神；2) 一旦上述结果经过了充分的证实，就把它当成是一个很surprising的发现，大惊小怪。（很遗憾，这后一条已经成为了一种新的传统，不止在自然科学，甚至在很多其他领域也是如此。）
Avise当年也觉得那些发现很surprising，但他是基于“坚持简单的零假设”而感到惊讶，而不是基于本学科那些约定俗成的东西。这还是不一样的。（最近本想写博客论述一下这个问题，不过想想还是算了。谈这些太大的问题容易流于口水仗。）
5. “我一直是个本质上的博物学家，思维模式上的遗传学家，以及“无可救药的”研究者，我永远对生命世界感到惊奇，并希望通过新的智力创新来增进对它的理解。（I’ve always been a naturalist at heart, a geneticist in mindset, and an incurable academic who feels forever compelled to marvel at the biological world from novel intellectual vantages.）”
再一次感受到这一点。有些人总是觉得，要 marvel at something，要 be surprised at something，才说明你真的对这些东西感兴趣。也许是中英文语境不同吧。在我看来，这些表示惊奇的语言包含的一层意思就是感到意外。然而作为一个生物学专业出来的毕业生，我受到的教育是“在多样、复杂的生命世界中，只有你想不到的，没有你发现不了的”。因此我对于任何关于新物种、新现象、新机理的发现，从来都觉得没什么意外的，也就一点都不惊奇。然而这不说明我不感兴趣。
第三部分
6. Avise：“这里有一个专业上的建议：当你关注日常研究的细枝末节时，一定要至少让你大脑的一部分用系统思维模式来工作。（Even as you focus on the daily details of your research, always try to keep at least a part of your brain working in a broadly strategic or synthetic mode as well.）”
这句话我非常赞同，并且正在躬行。
7. Avise：“在我看来，当今一个重要的难题是，越来越少的年轻人能有机会真正接触美妙的大自然并因此被它迷住。我们怎么会关心情感上并不了解和爱的东西呢？”
我对这一类说法相当不同意。博物学家容易犯的通病就是把生活和工作混为一谈，把情感与理智熬成一锅。喜欢生物多样性和喜欢研究生物多样性绝不是一回事。喜欢研究生物多样性和能不能研究好生物多样性也是两个先验独立的问题，尽管可能有后验相关。
行走在植物园或者去野外拥抱大自然，看着各种各样的花草树木，闻着花香听着鸟叫，让各种虫虫在你的身上停息，这是一种惬意的生活。而要去追索它们是什么科、什么属的，结构怎么样，物候怎么样，行为有什么规律……那属于严肃的科学研究。我总是尽量避免把这两种状态掺杂在一起。在做前者的时候考虑后者，会影响我享受生活的心情，很煞风景。而在做后者的时候想着前者，会让我拿起解剖刀却下不了手。
我信奉的准则：喜欢TA，就不要研究TA。
8. Avise：“我觉得系统发生地理学同时吸收了隔离和扩散思想，特定的情况下两者共同作用并影响了遗传谱系的空间格局。”
就像我在上面第4点所说的，一些由于传统、历史原因留下来的“共识”也好，还是别的什么“识”也好，跟后来这些相对更加严谨的东西一比，全都变成了浮云。像“隔离”、“扩散”这些思想，仅仅代表了我们人类认识世界的特定阶段。它们曾经反映了一部分客观规律，但都有其历史的局限以及思维上的局限。我们还是得给它们记上一笔，但不宜过多纠缠。
9. Avise：“基因树（gene tree）和物种树（species tree）在理论和经验上的不一致性”，“实际上任何物种绝大部分的遗传历史隐藏在核基因组中”，等等。
这些就是谱系地理学在今后要研究的主要方向了，一定会催生很多重大发现～～
10. Avise：“这些公园应该建在哪儿不但取决于现有的生物多样性，而且要考虑历史方面——这些现有的多样性来自于哪儿？”
受教了。写毕业论文的时候必须往这个思路上靠。
我经常说我对这个领域失去了兴趣。但是兴趣这东西，谁说得清楚呢？无论如何，少说三年，多说11年，既然已经花了这么多时间在这个学科里，总得给自己有个交待。学会了什么，理解了什么，喜欢什么，不喜欢什么，还是要说出个一二三四来，以便往下一步迈进。
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