导读：当你的网络图变成一团毛线时，不妨问问自己：“我究竟是执着于每条线，还是想看清整个网络的故事？”如果答案是后者，Edge Bundle 可能就是你的第一选择。

图1.直线vs edge bundle

《PNAS》文章Higher-order interactions in neuronal function: From genes to ionic currents in biophysical models. Fig 1C，2A使用edge bundle图展示了参数对之间的互信息值(Mutual Information，MI)。其中，节点的颜色对应神经形态学各区域的颜色，边的颜色则用于表示互信息值的大小。右侧的图展示了模型参数（Parameters）与电生理特征（e-features）之间的关系。参数按不同区室进行颜色编码；电生理特征以灰色显示，但 bAP 特征除外，其颜色与所在区室的颜色保持一致。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_hierarchical_edge_bundle_plot

图3.绘图页面

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图4. 示例数据

示例数据包括两部分：

左侧是节点信息数据，包括两列：

第1列：节点名字

第2列：节点所属分组

右侧是连线信息数据，包括3列：

第1列：起始节点

第2列：终止节点

第3列：连线对应的值，例如weight等

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图5. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图6.输入检查结果

注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。

4，选择参数

图7.绘图参数

图片大小：图片宽度，图片高度参数

分组颜色：节点分组颜色，超过8种使用系统默认颜色

新加功能：解决配色难题

1，颜色集：提供了7种常见期刊的颜色集，点击后，在该论文的颜色集中随机挑选并填充颜色

2，随机颜色：点击“随机”按钮后，会随机推荐8种颜色并填充，点击一次，随机一次

3，自定义：可以粘贴空格分隔的16进制颜色编号，例如 #E64B35 #4DBBD5 #00A087，点击“更新”按钮后，自动填充颜色

连线颜色：节点间连线的颜色，如果3种不一样，使用3种颜色渐变；如果低颜色=中颜色，或者中颜色=高颜色，使用2种颜色渐变；如果3种颜色都一样，则使用一种颜色（此时不显示连线的colorbar图例）

字体大小

节点文字字体大小：节点名字的字体大小。若文字被截断，请增加图片大小。

图例标题字体大小：图例标题的字体大小。控制节点数据第2列标题和连线数据第3列标题的文字的字体大小

图例文字字体大小：图例数值或者分组的字体大小。控制颜色渐变的数值和具体分组文字的字体大小

连线张力：张力（tension）表征了曲线沿主要走向被牵引的强度。张力值越高，不同分组的曲线越倾向于合并成一致的流向；张力为0时，彼此独立成直线。

节点大小：控制节点的大小 

是否分左右弧展示：绘图类型分两种：一种是正圆，一种是左侧一个弧，右侧一个弧（类似饼图的explode，把切出来的一部分突出，往右侧移动）

选择左右弧展示时，会显示以下参数：

弧标题

左侧弧标题：定义了左侧弧线的名字

右侧弧标题：定义了右侧弧线的名字

标题y轴位置：控制标题文字的Y轴位置，越大越靠上

标题文字字体大小：控制文字的字体大小

弧角度：控制弧线的显示角度。0°指向正右，逆时针增加。

例如左侧设置为：60-300；

右侧设置为-40到40 （因为起始要小于终止，所以这里不使用320，而是使用-40）

左右间距：定义了两侧间距大小，值越大，则左右间距越大

右侧节点：定义了将哪些节点放在右侧（剩余节点放在左侧）。一行一个节点名

字体 

设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约2s后，会在页面上显示edge bundle图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。

图8.预览图

请使用Acrobat Illustrator，inkscape等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字、图像元素位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

图9.左右弧

图10.不同的张力值

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