一组基因对应多个功能类别时，表格可以保留完整信息，却不方便比较各类别的大小。树图把类别、数量和基因名称放进同一张图，适合用来概览结果。

▲ 论文 Figure：候选靶基因功能分类树图

📖 论文案例

《Nature Genetics》论文“Systematic prioritization of functional variants and effector genes underlying colorectal cancer risk”通过整合分析确定了 208 个候选靶基因。Figure 4 按生物学或细胞功能对这些基因进行分类，每个矩形代表一个功能类别，矩形面积与该类别中的基因数量成正比，面积越大，基因越多；颜色用于区分类别，矩形内列出对应的基因名称，方便查看各类别的基因数量和具体组成。

🛠️ 作图地址

https://www.bioinformatics.com.cn/basic_treemap_with_names_plot

▲ 图 1：在线绘图页面

📋 五步完成树图：

Step 1：准备数据点击页面上方的“示例数据”链接下载示例数据，用 Excel 打开。

▲ 图 2：示例数据

示例数据包括两列：

第1列：基因名

第2列：基因对应的功能分类

整理自己的数据时，按第二列类别排好顺序，再粘贴到输入框。每个基因占一行，同一类别的名称要保持一致。

Step 2：输入检查（重要！）

粘贴数据后，先点击“输入检查”。平台会逐行、逐列检查数据格式，并提示需要修改的地方。如果检查未通过，按页面提示修改数据，然后重新检查，直到通过。检查通过后再继续设置参数。

▲ 图 3：载入示例数据

▲ 图 4：输入检查结果

Step 3：设置参数

输入检查通过后，进入参数设置。

▲ 图 5：绘图参数面板

【图片大小】宽度和高度决定输出画布的尺寸，可根据基因数量和版面比例调整。

【颜色】可以手动设置前 14 个类别的颜色；类别超过 14 个时，其余类别使用系统默认颜色。

在这类树图中，每种颜色对应一个功能类别。选择颜色时，先看相邻色块能否清楚区分。如果同一篇文章中的其他图已经为细胞类型、通路或功能模块设定了固定颜色，建议继续沿用，读者不必重新辨认图例。

页面还提供三种配色方式：

① 颜色集：内置 npg、lancet、aaas、jama、nejm、jco 和 frontiers 七套配色。

② 随机颜色：每次点击都会生成一组新颜色。

③ 自定义：粘贴用空格分隔的十六进制色号，例如 #E64B35 #4DBBD5 #00A087。

【字体设置】可以分别调整基因名、图例标题和图例文字的字号，字体可选 Times New Roman 或 Arial。

【绘图类型】控制基因名称在矩形内的对齐方式，可选左对齐、居中或右对齐。

Step 4：提交出图

参数设置完成后，点击“提交”，约 1 秒即可生成预览图。

▲ 图 6：树图预览

Step 5：下载与后期编辑

平台支持下载 PDF、SVG、PNG 和 TIFF 四种格式。PDF 和 SVG 为矢量图，PNG 为 300 dpi，TIFF 为 600 dpi。需要移动文字、替换字体或组合多张图时，可以使用 Adobe Illustrator 或 Inkscape 编辑下载的 PDF 或 SVG 文件。

✍️ 小结

树图用矩形面积表示各功能分类中的基因数量，并在矩形内列出基因名。它适合把“基因与功能分类”这类两列数据整理成一张图，让读者同时看到各类别的相对大小和具体成员。

面积负责比较数量，颜色负责区分类别，矩形内的文字给出具体基因名称。读图时要把这三种信息分开理解，避免把颜色误当成表达量或显著性。

这类图适合候选基因、差异基因、marker 基因等按功能或类别整理后的结果。

整个流程都在网页中完成，不需要写代码，也不用安装绘图软件。完成后还可以保存参数，下次直接恢复数据、配色和版式。

📌 参数复用

预览图下方提供“复现参数（JSON）”下载链接。点击后可保存 JSON 文件，其中包含本次输入的数据和绘图设置。

▲ 图 7：下载参数文件

完成满意的版本后，建议把参数文件、图片和原始数据放在同一个文件夹中保存。下次作图时直接导入 JSON 文件，即可恢复数据和已设置的参数。

▲ 图 8：导入参数并恢复数据和绘图设置

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