《Nature Communication》文章Endothelial RAB5IF is required for pathological and developmental retinal angiogenesis. Fig 5B （左图）的渐变条形图展示了蛋白组中上调蛋白的显著富集条目。X轴是-log10(Pvalue)，Y轴是富集条目，条形颜色以-log10(Pvalue)进行映射。文章DNA methylation predicts adverse outcomes of coronary artery disease. Fig 2C（右图）以类似的图展示富集结果，X轴是基因数，Y轴是富集条目，条形颜色以-log10(P)进行映射。在条形图上直接标注文字，可以提升空间利用率、增强信息密度，并保持视觉上简洁清新。

 1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_gradient_bar_plot_286

图2.渐变富集条形图

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据可以是三列或者四列。

三列时：第一列是富集条目；第二列是基因Count，第三列是富集的Pvalue或者FDR，Padj等，数据范围必须是0-1，且不等于0。

四列时：第一列是富集条目；第二列是基因数Count，第三列是富集的Pvalue或者FDR，Padj等，数据范围必须是0-1，且不等于0；第四列是分类，例如GO的BP,CC,MF。

如果按照第二列从大到小排序，则图中条形从长到短（自上而下）；如果按照第三列P值从小到大排序，则图中条形颜色从p值小的颜色渐变到p值大的颜色。

注：默认以首行“第二列名字”作为X轴说明，若第二列数值是-log10转换的值,且名字以-log10开头，则以“-log10(第三列)”为X轴说明。

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例1”按钮，将载入3列的示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查结果

注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图6.绘图参数

提供了多种参数对图像元素进行修改，包括：

图片大小

图片宽度，高度。请根据富集条目数和条目文字长度进行调整 

颜色

P值大的颜色和P值小的颜色。

字体大小

提供了图中所有文字的字体大小设置参数，包括：标题（title）字体大小，bar上文字（输入第一列）字体大小，X轴说明文字字体大小，X轴刻度字体大小，分类名字字体大小，图例标题字体大小，图例刻度字体大小

Bar和标题

设置了bar宽度，bar的透明度（alpha）参数

图片标题文字。留空则不显示标题

垂直grid线

X轴刻度处的垂直辅助线

字体：

设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约1s后，会在页面上显示bar图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。

图7.预览图

可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

图8.多组条形图

2026，祝伙伴们科研顺利，顶刊可期！

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