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导读:将传统维恩图与条形占比图相结合,在展示集合关系的同时,直接呈现各部分的数量与比例,避免了读者的心算过程,提升了信息传达的效率和准确性。
《Nature Communication》文章RNA-mediated condensation of TFE3 oncofusions facilitates transcriptional hub formation to promote translocation renal cell carcinoma. Fig 1h的Venn图(Venn+bar)展示了两种组学基因交集情况。上半部分是常规Venn图,展示了样品独有(RIP-seq:2109;CUT&TAG:3454)和共有(1557)的基因数;下半部分是条形图,展示了独有和共有基因占各自样品基因的百分比。相较于传统Venn图,本图在表达方式上更为直观精炼,避免了需要根据venn图中数字额外进行比例换算的步骤,提升了信息传达的效率和准确性。
注:NC的这张图上面的bar的42%竟然比58%还长,看来是随手画的。微生信网页上是严格按照比例绘图。
1,打开作图URL
https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_two_datasets_venn_diagram_plus_horizontal_bar_plot_285

图2.两数据集venn+bar图绘图页面
2,示例数据
点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

图3. 示例数据
示例数据包括两列:第一列是geneset1的数据(gene),第二列是geneset2的数据(gene),一行一个。
注意:第一行加粗的geneset1和geneset2不是数据,不需要贴到数据输入框中。
3,输入检查
示例数据:点击输入框下面的“示例”按钮,将载入示例数据。
真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据,输入检查
然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查
注:输入检查是新添加的功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,以确保数据符合模块输入要求。
4,选择参数

图6.绘图参数
图片大小
图片宽度,高度。建议设置成一样的。
字体大小
venn数据集名字的字体大小
venn每个部分显示的数字的字体大小
bar百分比的字体大小
图例标题字体大小
颜色
设置了venn图左侧填充色,中间交集填充色,右侧填充色,以及venn图中所显示的数字的字体大小;数据集名字和占比的字体颜色跟随venn的填充色
其他
设置了venn图填充的透明度(0完全透明,1完全不透明)
Bar相对于venn的宽度,增加该值,则bar的长度相应增加
Venn是否成面积比例绘图
选Yes则按照面积比例绘制venn;选No则按照1:1:1绘制venn
字体:
设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial
5,提交出图
检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约1s后,会在页面上显示两个集合交集的venn+bar组合图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用,同时链接了获得各部分元素的模块。

图7.预览图
可以使用acrobat illustrator等软件编辑矢量图(pdf或svg),进行组图,调整文字位置,字体,添加说明等操作,以满足个性化需求。
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