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http://www.kazusa.or.jp/codon/
codon usage database
http://www.bioon.com/experiment/data/58761.shtml
因工作的需要,需要检查一下要表达的基因是否存在稀有密码子,所以捡起了多年前在课堂学过的知识。还是最为熟悉的guca网站,还有一个就是实验室介绍的codon usage database都是这方面的权威网站。
Guca主要是分析一段基因中,跟目标宿主菌的密码子偏好性相比,哪些密码子是稀有的。主要有两种方式:以二十种氨基酸为index和以三联密码子的顺序为index。前者(以一种氨基酸为例),给出编码这个氨基酸的所有密码子,然后以不同颜色显示基因和宿主的使用频率,各自以频率最高的密码子为100。所以两者相差较大的就很可能是转录瓶颈。
后者则是对应每个三联密码子只给出一个柱形表示,数值越高代表越是宿主菌的常用密码子,同样是以100为最高值。
同时,guca网站还提供了另外一种功能:比较不同宿主菌的密码子偏好性。
Codon usage database可以算是guca的一个支持,能提供很多生物的密码子使用情况,支持guca网站的调用。
有人曾经委托公司做了密码子的优化,他们改造的原则是,宿主菌里面表达这个蛋白的密码子的使用低于10%的,就进行优化。我顺便还看了一下Rosetta,这是通过质粒的形式编码表达了7个稀有密码子tRNA的菌株。以E. coli K12为宿主,查了一下其密码子偏好性,发现Rosetta改造的这7个密码子都是K12里面每个氨基酸的密码子里面使用情况小于13%的。但有一个让人迷惑的,就是编码Gly的密码子中,有2个密码子其使用频率都较小,但Rosetta却取了使用频率稍大的来进行改造,不知道还有什么原因。
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