偶像杨子恒终于发Nature了

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

xiongrongchuan@126.com

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

我们做计算分子进化的可能记不住杨子恒这个大牛，但是应该都知道《计算分子进化》这本书吧。没错，它的作者就是杨子恒。杨子恒因其在计算与进化生物学方面的巨大成就而当选英国皇家科学院院士。鼎鼎大名的进化分析软件PAML也出自他的手下，所以是笔者顶礼膜拜的对象（当然这其中可能还有咱们都是华人的亲切感使然吧）

不过之前，看此偶像的文章多发在MBE这类上，没见三大刊物有过报道，。多多少少有些为之遗憾。今天终于看到了此大牛在Nature发表的综述文章“Molecular phylogenetics: principles and practice”，忍不住要和大家分享。

文章从阐述了系统学研究对解决各种生物学问题的重要性如题，如解决物种或基因、病毒感染的起源与传播以及人口结构的变化和物种的迁移模式之间的关系。但是之前的发展瓶颈在于分子数据的获得困难以及计算资源的局限，但是现在以二代测序技术为代表的先进的基因测序技术将系统发育遗传学的分析技术发展到了一个新的高度。系统发育学研究已经渗透到生物学的每一个分支，但数量众多的系统发育遗传学研究方法和软件包使实验生物学家望而生畏。文章介绍了包括简约、距离、可能性和贝叶斯等的系统发育遗传学分析方法，并讨论了这些方法优缺点，为实验生物学家提供了指导与帮助。据我了解，作者之前的研究多偏重其中的最大似然法研究，昂贵nuture版面也容不下详细的方法原理描述和对比，对各种方法只是泛泛而谈，主要是系统发育学确实是一门博大精深的学问。不过文章的参考文献倒是很丰富也很有代表性，作为了解这门科学的起点的话，这篇文章就不只是一个“标志”意义了。