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分子标记在tigrv5上的整合
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www.tigr.org是我以前经常访问的网站,不过tigr现在已经变天了,变成了JCVI www.jcvi.org,但我更怀念曾今的TIGR.TIGR version 5是TIGR版水稻基因组序列注释的最后一版(变天后现在的版本是:MSU Rice Genome Annotation (Osa1) Release 6.1 ).怀旧的一个重要原因是,原来TIGR数据中的InDel标记数据,在新版本中居然消失了.还好,我有TIGR v5的东西.
TIGR数据以前让我感到很烦的一点是,没有将一个染色体所有序列放到一个文件中,比如第1染色体的所有基因是一个文件,基因间序列是一个文件.现在,能把这两个序列文件整合在一起用了.
SSR是水稻最常用的分子标记,但有的RM编号的标记,是不知道物理位置的,也即在TIGR V5中的物理位置是不知道的,在我已经合成的引物中有845个标记是这种情况,当然其中大部分在IRGPS中的位置是已知的.但我缺少IRGPS和9311间序列多态性数据,所以还是TIGR V5用起来方便点.要把这些标记定位的方法是进行本地BLAST.用BioEDIT建一个基于TIGR V5的序列比对数据库,然后让用每个引物对来进行BLAST,这样就能发现PCR片段在日本晴基因组中的位置.
还有个可能比较重要的事情是:将所有已经克隆的基因在序列图上定位,这样不管是对作图和分子标记辅助选择都是有用的
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