在科研过程中师生之间的关系有很多明规则和潜规则，而一旦有的学生不明白，就会引起争议，或者师生反目。例如经常有学生抱怨导师霸占了他自己的研究成果，或者是学生为导师挣来了名分，也有人说是由研究生将导师培养成院士的等等。

    《师从天才：一个科学王朝的崛起》提到，“科学界的通则（而不是特例）是：高级研究人员获得的荣誉和欢呼，建立在低级研究人员所做的实际研究之上。”例如美国约翰·霍普金斯大学的神经科学家所罗门·斯奈德（Solomon Snyder）获得了无数荣誉，这其中当然离不了下面的研究人员或研究生的实际实验。其中，因为阿片受体和脑啡肽的发现斯奈德获得了拉斯克奖(Lasker Award)，而实际研究的女研究生珀特未能共享，珀特为此抗议，并闹出了不小风波，也可能因此争议，斯奈德未能进一步获得诺贝尔奖。当然，他们师生关系也为此受损。

    还有就是论文的署名权。目前一般规则是，导师都会在学生的论文上署名（这不意味着导师抢第一作者，事实上，导师通常作为通讯作者）。原因是虽然学生进行了实际实验，但导师进行了指导，或者虽未尽指导责任但至少提供了课题和经费、实验仪器和场所等，或者因为目前强调团队合作关系而如此。事实上，据《通往斯德哥尔摩之路——诺贝尔奖、科学和科学家》，早期有些科学家，例如不少诺奖得主名字不会出现在学生的论文上，如1962年生理学和医学奖得主沃森、1980年化学奖得主吉尔伯特、1974年生理学和医学奖得主帕拉德。诺奖得主科恩伯格让他的研究生伯格（1980年化学奖得主）独自发表他第一批重要的结果，这大大帮助了伯格的事业。伯格说：“如果他在论文上署名，就像传统的那样，他会收到所有的荣誉，而我会仅被看作是他实验室里一个年轻而有前景的学生。事实上，从一开始，那就是我的发现。我常常记得这是一件难以置信的快乐事情，因为它让我得到了国内的承认。”但这些只是些特例，后来就不如此了。通常导师是要在学生的论文上共同署名的。对此，研究生不应有异议。如果那位导师高风亮节，不在研究生的论文上署名，那也只是特例。

    对于承担大部分实际实验研究的研究生和博士后，格林伯格称之为“科学的农奴”。虽然论文作者的年长者（导师）常常占了头功，而甚至思路也都由年轻作者想出。但这种师徒制度尽管令人讨厌，但肯定是有建设性的。

    事实上，不论中外，学生抱怨导师“剥削、压榨”，而导师则抱怨学生“提出贪婪的要求、忘恩负义”，这都是常有的事。师生双方只有尽可能地占在对方的角度多考虑一些，导师不要心安理得地占有学生的劳动成果，而是要承认学生的科学发现位置，师生关系才会向健康的方向发展。