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Zoonoses原创论文 | SPRI技术在高通量全长16S rDNA测序文库构建中的应用

已有 1170 次阅读 2023-12-5 18:53 |个人分类:zoonoses|系统分类:科普集锦

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Optimizing the Use of Solid-Phase Reversible Immobilization Beads for High-Throughput Full-Length 16S rDNA Sequencing Library Construction

SPRI技术在高通量全长16S rDNA测序文库构建中的应用

作者:Yinmei Li , Ziqiang He , Mimi Kong , Dong Jin

在高通量测序技术发展的背景下, Solid-phase reversible immobilization技术(缩写为SPRI)作为一种核酸纯化和回收方法,具有高效、快速、易于自动化等优点,被广泛应用于高通量测序文库构建过程中。然而,SPRI技术的参数和流程需要进行优化,以提高其效率和准确性。

近期中国疾病预防控制中心国家传染病预防控制研究所金东教授课题组在Zoonoses杂志发表了一篇题为“Optimizing the Use of Solid-Phase Reversible Immobilization Beads for High-Throughput Full-Length 16S rDNA Sequencing Library Construction”的研究论文。

该研究使用SPRI技术进行核酸纯化和回收,并对SPRI珠比例、孵育时间和洗脱时间等参数进行了相应优化。具体方法包括DNA提取、PCR扩增、文库构建、SPRI核酸纯化和回收、SPRI珠比例优化、孵育时间优化、洗脱时间优化和正交实验设计等步骤。通过对不同参数的深度优化,研究人员确定了最佳的核酸纯化和回收参数组合,从而提高了核酸回收率和文库构建效率。该方法具有高效、快速、易于自动化等优点,有望在微生物学、生态学等领域得到广泛应用。

结果表明,在初始样品量为500 ng时,不同SPRI珠比例之间的回收率没有显著差异。在初始样品量为3000 ng时,孵育时间为10分钟时回收率最高。在不同初始样品量下,不同洗脱时间之间的回收率没有显著差异。

图1. 孵育时间优化实验结果。

该图显示了不同孵育时间下的DNA回收率。实验结果表明,当初始样品量为3000 ng时,孵育时间为10分钟时,DNA回收率最高;对于初始样品量较低的样品,孵育时间为5分钟时,DNA回收率最高。

图2. 洗脱时间优化实验结果。

该图显示了不同洗脱时间下的DNA回收率。实验结果表明,洗脱时间为2分钟时,DNA回收率最高。

图3. 正交实验设计结果。

该图显示了不同参数组合下的DNA回收率。通过正交实验设计,研究人员确定了最佳的SPRI珠比例、孵育时间和洗脱时间组合,从而提高了DNA回收率和文库构建效率。

文章最后指出,应用SPRI技术可以高效地进行核酸纯化和回收,并且可以用于高通量全长16S rDNA测序文库构建。文章还讨论了SPRI珠比例、孵育时间和洗脱时间等参数的优化策略,并提出了一些改进建议,为后续研究提供了有价值的参考。

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引用信息

Citation:

Li YM, He ZQ, Kong MM, Jin D. Optimizing the use of solid-phase reversible immobilization beads for high-throughput full-Length 16S rDNA sequencing library construction. Zoonoses, 2023, 3(1): 41. DOI: 10.15212/ZOONOSES-2023-0007

原文链接:

https://www.scienceopen.com/hosted-document?doi=10.15212/ZOONOSES-2023-0007




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