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Zoonoses 最新文章 | Omicron株新冠病毒基因组特征及风险评估

已有 1481 次阅读 2021-12-6 09:50 |系统分类:科普集锦

Zoonoses 最新文章

Genome Characterization and Potential Risk Assessment of the Novel SARS-CoV-2

Variant Omicron (B.1.1.529)| Omicron株新冠病毒基因组特征及风险评估

作者:范航及崔玉军团队

近日,军事医学科学院微生物与流行病研究所范航及崔玉军团队在《Zoonoses》期刊联合发表热点评述,全面分析了Omicron株新冠病毒基因组特征及风险评估

新冠疫情全球爆发流行持续2年时间,新型突变株不断出现,持续引发关注。

2021 年 11 月 26 日,世界卫生组织宣布,将新变种B.1.1.529被指定为继Alpha、Beta、Gamma、Delta之后,第五个值得关注突变株(VOC, variants of concern),并以希腊字母 Omicron (Ο) 命名。该突变株被认为与南非及周边地区的新冠病例的异常增加有关。突变株已在包括英国、加拿大、和法国等多个国家和地区检测到。许多国家和地区如美国、英国、瑞士和新加坡已对南非发布旅行限制。

目前,共有125个来自于南非、博茨瓦纳、以色列、澳大利亚、中国香港和比利时的Omicron 突变株序列发布,范航及崔玉军教授团队第一时间对病毒序列开展系统的比较性分析,基于病毒表面S蛋白,尤其是受体结合区开展比对分析,并结合历史流行病学特征,对Omicron 突变株引发大规模爆发流行进行预判。

新冠病毒S蛋白全长1273个氨基酸,包含的受体结合区(RBD, Receptor Binding domain),能够介导病毒与细胞表面受体结合,S蛋白和RBD区是目前重要的疫苗靶点,该区域内的突变不仅导致病毒感染能力变化,也极易影响疫苗有效性。经分析,RBD区包含15个氨基酸位点突变,是其它VOC变异株的5倍以上。其中K417N,Q493R,N501Y和Y505H突变与受体结合相关,值得关注的是N501Y位点突变能够将RBD与受体ACE2的亲和力增强9倍。S蛋白包含的33个位点突变及缺失,与病毒的感染能力和中和抗体识别相关, 或可导致病毒宿主范围扩大,降低疫苗有效性。S蛋白之外的突变,如N蛋白的R203K 和G204R突变将促进病毒RNA复制,提高病毒载量,或可提高病毒的毒力。

根据流行病学数据,南非此前经历了三个大规模爆发高峰,都是由SARS-CoV-2早期毒株、Beta突变株或 Delta突变株引起的。近期南非新冠病毒病例迅速增加,已出现第四个感染高峰,且增长速度更快。结合Omicron 变体的基因组特征,有理由认为Omicron 突变株的出现是南非本次流行高峰的关键因素。

然而,深度分析Omicron突变株对新冠疫情影响的评价并非易事,需要结合临床诊疗,检测数据,实验调研等多方面入手。Omicron突变株的公共健康风险评估也将依赖与对目前抗体和疫苗有效性的准确评价。总之,防控新型突变株,需要全世界各个国家共同努力。

本篇中文述评来自Zoonoses 主编助理深圳湾实验室太万博博士

原文链接:

https://www.scienceopen.com/hosted-document?doi=10.15212/ZOONOSES-2021-0024



https://blog.sciencenet.cn/blog-3387871-1315374.html

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