文章2.Plant Diversity（2区，3.359分）转录组+类胡萝卜素检测+qPCR分析不同品种咖啡色泽品质。

1.题目：Transcriptome and carotenoid profiling of different varieties of Coffeaarabica provides insights into fruit color formation2.杂志：Plant Diversity3.IF：3.359分（2023）4.链接：Faguang Hu, Xiaofei Bi, Hongming Liu, Xingfei Fu, Yanan Li, Yang Yang, Xiaofang Zhang, Ruirui Wu, Guiping Li, Yulan Lv, Jiaxiong Huang, Xinping Luo, Rui Shi.Transcriptome and carotenoid profiling of different varieties of Coffea arabica provides insights into fruit color formation,Plant Diversity,Volume 44, Issue 3,2022,https://doi.org/10.1016/j.pld.2021.11.005.5.主要内容：

咖啡的加工性能和最终质量取决于成熟水果本身的成分。咖啡果实品质遗传变异的基础可以通过研究果实成熟过程中的颜色形成来解释。用四个C.arabica品种的成熟果实为材料以鉴定与果实颜色形成有关的关键颜色调节基因、生物合成途径和转录因子。在四个阿拉比卡变种的转录体中共鉴定出39938个基因。总共，在YF_vs_PF、YF_vs_RF和YF_vs_ORF中分别检测到2745、781和1224个差异表达基因（DEG），其中1732个DEG在三个成对组中保守。DEG的功能注释导致分别检测到28个和82个参与类胡萝卜素和花青素生物合成的关键基因。检测了与果实颜色调节有关的关键转录因子bHLH、MYB、NAC、MADS和WRKY。基因-LOC113688784（PSY）、LOC11.3730013（b-CHY）、LOC113728842（CCD7）。

YF中的基因-LOC113689681（NCED）和基因-LOC113 729473（ABA2）可能解释了黄色。几种花青素和类胡萝卜素特异性基因在水果中的差异表达基本上解释了紫色（PF）、红色（RF）和橙色（ORF）的着色。这项研究为小粒咖啡的果实颜色形成和变异提供了重要的见解，并将有助于开发咖啡具有特定颜色和质量特征的品种。

图1.四个材料的表型：橙色果实（ORF）；紫色果实（PF）；红色果实（RF）和黄色果实（YF）（Hu,2022）

图2.转录组整理情况 （Hu,2022）

图3.类胡萝卜素含量和代谢通路分析

图4.花青素生物合成途径的最后步骤及咖啡果实色泽之间的关系。

图5.主要的转录因子和qPCR验证分析

6.总结推荐

（1）色泽指标研究：总黄酮，总花青素，总类胡萝卜素，总叶绿素；

（2）抗氧化指标检测：总黄酮，总酚，类胡萝卜素，维生素C，维生素E，抗氧化指标FRAP，ABTS，DPPH，PTIO自由基清除能力；

（3）抗逆胁迫研究：超氧化物歧化酶（SOD），过氧化氢酶活（CAT），丙二醛（MDA）；脯氨酸（PRO）；多酚氧化酶（PPO），可溶性糖含量，过氧化氢含量；

（4）营养品种研究：总糖，总酸，可溶性固形物，淀粉，灰分，干物质；元素含量。

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