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本研究采用RNA测序技术(RNA- seq)对实验室饲养后0、10和60天的红火蚁的差异表达基因进行了研究。RNA-Seq结果显示,大量基因的表达发生了变化。deg参与多种途径,包括蛋白水解、丝氨酸型内肽酶和过敏原。此外,RNA-Seq和qRT-PCR数据显示,一些与蛋白水解和过敏原相关的基因的表达显著降低。因此,本研究产生了关于实验室饲养过程中红火蚁毒液腺毒素成分和转录组动力学的新数据。
1题目
A global study of transcriptome dynamics in the venom gland of Solenopsis invicta Buren during laboratory rearing
2杂志
Biocell
3链接
Doi: 10.32604/biocell.2021.016450
4检测指标
Norminkoda提供RNA-Seq检测
5主要内容
结果 1: RT-PCR设计引物
结果 2: RNA-Seq数据
结果 3: RNA-Seq检测
Fig 4: GO分析
Fig 5: 与蛋白水解相关的DEGs表达模式分析
Fig 6: 与过敏原相关的DEGs表达模式分析
通过转录组的比较分析,确定了参与多种途径的表达基因(DEGs)。氧化石墨烯分析表明,氧化还原过程是三个样品中差异最显著的两个氧化石墨烯亚类别,这表明这些基因编码的蛋白质可能与实验室保存时红火蚁有毒成分的变化有关。然而,检测到与生物碱相关的一些DEG(数据未显示),这与我们之前的研究略有不符,即在实验室中饲养红火蚁时,有毒生物碱成分的水平会下降。推断实验室饲养可能在转录后水平影响生物碱的合成。
通过蛋白质组学分析,在红火蚁的毒液中发现了几种水解酶、氧化还原酶、蛋白酶、库尼茨样多肽和较少丰富的抑制剂半胱氨酸结(ICK)样神经毒素和昆虫防御素。RNA-Seq分析显示,蛋白水解相关基因的表达,包括半胱氨酸型肽酶活性,天冬氨酸型内肽酶活性,丝氨酸型肽酶活性和金属肽酶活性在实验室饲养后发生了显著变化。
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