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VASP-VTST计算过渡态
现用vasp版本为vasp5.4,基于此版本,重新编译vasp。VTST代码及相关脚本下载地址:http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/index.html 。
一、软件编译/安装
1. 修改内容:
In VTST v2.04 and later, a modification is required in main.F for the solid-state NEB.
Find and replace:
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
with
CALL CHAIN_FORCE(T_INFO%NIONS,DYN%POSION,TOTEN,TIFOR, &
TSIF,LATT_CUR%A,LATT_CUR%B,IO%IU6)
2. 将vtstcode的内容复制到VASP的src目录下。
To install, download the files in vtsttools/source into your vasp source directory. There are other files in the package: neb.F, dynmat.F, dimer.F, lanczos.F, sd.F, cg.F, qm.F, lbfgs.F, bfgs.F, fire.F, and opt.F.
3. 修改内容:
Find the variable SOURCE, which defines which objects will be built, and add the following objects before chain.o (src/.objects):
bfgs.o dynmat.o instanton.o lbfgs.o sd.o cg.o dimer.o bbm.o \
fire.o lanczos.o neb.o qm.o opt.o
参考:1. http://theory.cm.utexas.edu/vtsttools/installation.html 。2. http://hmli.ustc.edu.cn/doc/app/vasp.5.4.1-vtst.htm 。
4. 修改上述内容后,重新编译VASP。(参考:https://www.bilibili.com/video/av39616222/ )
5. 将路径添加到环境变量中。(计算过程需用到相关脚本(vtstscripts),所以需要将该脚本直接添加到环境变量中。)
二、利用NEB计算
1. 优化初态和末态结构(这里分别建立两个文件夹ini、fin进行计算,默认位置:/home/vasp/NEB/test)
2. 检查两个结构(优化后)的相似性。(dist.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR)
3. 插点。(nebmake.pl ini/CONTCAR fin/CONTCAR N,这里N为需要插入点的个数)
4.准备输入文件(INCAR、KPOINTS、POTCAR)。
直接拷贝结构优化时的文件过来,然后修改INCAR文件。需要注意的几个关键参数:
IBRION = 3, POTIM = 0(识别并启动VTST)。
IOPT = n(选择优化算法。当ISIF=3时IOPT=0必需为3or7)
ICHAIN=0(开启NEB方法)
LCLIMB = .TRUE. (爬坡即CI-NEB)
IMAGES = N (插点个数)
SPRING = (弹簧力常数,用-5默认值即可)
5.计算。
计算时必须保证所用核的个数能够被插点个数整除。
6.分析结果。
参考:1. http://blog.wangruixing.cn/2019/08/19/cineb/ 。2. http://bbs.keinsci.com/thread-7489-1-1.html 。3. https://cndaqiang.github.io/2018/12/07/NEB/ 。
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