中医学基础理论源于中国古代哲学、解剖学和局限于当时认知条件的假设（虚构），其部分目前状态大致如下：

（1）气，源于哲学。由于诸家医者对中医之气的表述主要基于哲学，而百花齐放，莫衷一是。基本上仍处于哲学的框架之中，处于说不清，道不明状态。

（2）经络，基于解剖学、哲学和假设。虽然十二经脉的循行、走向与动脉、静脉血管类似，具有解剖学基础，但关于络及孙络等仍限于哲学的推演和假设。从哲学角度，在人体内应该有络及孙络，并且是网状结构，遍及人体内外任意之处。但由于对气没有明确界定，而络是什么？络中运行的是什么？既不能证实，也不能证伪，处于虚无缥缈的状态。

（3）五脏六腑，基于解剖学和假设。由于当时文化、科学发展的限制，对人体主要器官的生理结构认识了解有限，虚构（假设）了某些脏腑（如脾）。但由于对气没有明确界定，经络在人体及器官内如何“运行气血”模糊不清，而对脏腑之生理功能的认知较粗浅，赋予了一些假设。因此，脏腑处于若有若无、某些脏腑的生理功能处于无本之木之状态。

（4）五行，源于哲学，为脏腑关系之总纲。但由于在解剖上脏腑处于若有若无、某些脏腑的生理功能处于无本之木之状态，五行反映的脏腑之间的关系是解剖关系、生理功能关系还是哲学关系，或兼而有之，难以确切判断，处于纷繁复杂之状态。

（5）阴阳，源于哲学，辩证之根本。但就人体而言，气血如何生成、转化、损耗尚不清楚，何谈“气血平衡”；就脏腑功能而言，既然脏腑处于若有若无、某些脏腑的生理功能处于无本之木之状态，脏腑及其功能的阴阳如何平衡？因此，处于理论上阴阳到处可以用，而实际上处处何以用的状态。

很难想象，作为一个应用性极强，对大众健康维护、疾病治疗如此重要的学科，中医学基础理论之主要部分为此状态。在此状态下，为师者如何教、为学者如何学、为医者如何医，实在是太难啦！ 

结构决定功能，这是物理学、化学、生物学等学科的一个基本准则，人体也不应例外。在缺乏对人体生理结构较详尽了解的历史条件下，对中医学而言，提出系统、确切的科学基础理论既不可能，也不客观。而赖以哲学基础理论指导医者进行临床实践，虽然有隔靴挠痒之嫌，但已属难得。然而，时至今日，若再不依据现代医学与中医学在解剖学、生理学、诊断学等学科所取得的成果，结合物理学、化学、生物学、哲学等学科，建立基于解剖学、生理学和其它基础科学基础的、清晰的脏腑（器官）关系、气的概念和经络等现代中医学的科学基础理论，则难辞其咎。实际上，中医学之所以成为科学史上的一个奇迹，能传承至今，其原因之一是中医学本身具有丰富、精深的科学内涵，只是没有发掘出来、科学的阐述清楚。毫无疑问，在中医哲学基础理论与中医临床实践之间，架设中医学科学基础理论之桥是促进、保证中医学发展和复兴的唯一途径。