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R语言设置系统发育树节点支持率的位置

已有 6394 次阅读 2014-5-2 16:32 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 设置, 位置, 系统发育树, 节点支持率

R语言设置系统发育树节点支持率的位置

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

http://blog.sciencenet.cn/u/Bearjazz

生物信息学上构建系统发育树的方法有很多，如邻接法、最大简约法、最大似然法、贝叶斯法等等。在相当多的案例里面，针对同一个数据集而使用不同方法构建的系统发育树的拓扑结构通常大致一致。于是在发表结果时，为了节约篇幅或是更直观的对比不同方法得到的支持率差异，常常只展现某一个方法构建的系统树，而在节点处同时列出各种方法得到的支持率。其中一种方法就是，将不同的支持率展现在节点（或支branch）的不同位置，下面是来自R语言ape包的例子。

> intree = "exampleTree.nwk"

> Otr <- read.tree(intree) #读入系统发育树

> plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F)