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R语言设定系统发育树外群

已有 7403 次阅读 2014-5-2 16:49 |个人分类:我的研究|系统分类:科研笔记| R语言, 系统发育树, 外群

R语言设定系统发育树外群

#作者信息

熊荣川

六盘水师范学院生物信息学实验室

生物信息学上构建系统发育树通常需要使用外群以确定“进化方向”或是给系统发育树定个根。下面是R语言ape包中一个简单的例子

> library(ape)

> intree = "exampleTree2.nwk"

> Otr <- read.tree(intree) #读入系统发育树

> plot(Otr,show.node.label = T,use.edge.length = F)

> plot(root(Otr, "sp1")) #设定sp1为外群

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