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MD模拟中的热浴选择

已有 3706 次阅读 2018-10-4 11:01 |个人分类:分子模拟|系统分类:科研笔记| 热浴

关于热浴: 

LJ系统为例,讲了各种热浴的表现:

https://mp.weixin.qq.com/s/Bl7OhuNNXTnHxsf3xn67dA

 

我计算过一个多肽的例子:

protein GseqC(序列YDDATKTF in PDB ID 2GB1, capped with ACE and NAC)分别用BerendsenNose-Hoover热浴模拟,在opls-aa力场下:

aa.png

充分说明Berendsen热浴不适合production run.




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