为什么gromacs里的相互作用参数那么大？

以C-CA为例：amber96力场下为392459.2 kJ/mol/nm^2

换算成Å ，也有3924.6 kJ/mol = 934 kcal/mol/Ų

原因是，其实还要乘1/2.

因为原始能量函数中没有1/2: 

https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00124a002 (amber)

这里的Kr只是一个参数而已，不要想太多意义。

但Kr影响到r的分布宽度，夹杂角相互作用之后，对共价键距离的分布进行统计：

比如，CT（Cα）-C（肽键）的相互作用: 0.15220   265265.6

后者换算为：317 kcal/mol/A2

300K的模拟中，给出如下分布：

代入计算，发现最远距离时，也不过0.53 kJ/mol=0.1268 kcal/mol = 0.211 kbT.

概率降到exp(-0.211)=0.8，肯定还要考虑到angle等，整体才是exp(-deltaE).