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已有 4424 次阅读 2018-10-10 11:48 |个人分类:分子模拟|系统分类:科研笔记| gromacs, 力场, bond
为什么gromacs里的相互作用参数那么大?
以C-CA为例:amber96力场下为392459.2 kJ/mol/nm^2
换算成Å ,也有3924.6 kJ/mol = 934 kcal/mol/Å2
原因是,其实还要乘1/2.
因为原始能量函数中没有1/2:
https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/ja00124a002 (amber)
这里的Kr只是一个参数而已,不要想太多意义。