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LC-MS/MS| 蛋白质谱| 蛋白质组学| 蛋白修饰| 蛋白质组学生信软件| DIA|

【方法篇】基于LC-MS/MS手段分析与MHC结合的肽序列: 崔蕴博 2019-5-23 16:56; 此文1200字，阅读需要5分钟肽抗原与主要组织相容性复合体（MHC）编码的分子结合，并呈现在细胞表面形成T淋巴细胞的靶分子。自适应免疫系统这一关键环节可有助于消灭病原体感染细胞和癌症细胞，以及产生相应抗体，那么对这些抗原肽的鉴定，给新疫苗开发带来新的契机，新疫苗的目标就 ...; 个人分类: 蛋白质组学|3670 次阅读|没有评论

【方法篇】研究RNA互作结合蛋白（RBPs）的方法: 崔蕴博 2019-5-14 14:29; 由于RNA结合蛋白（RBPs）显著的生物学功能，它们的表达情况和活性状态能否提供细胞系统的诸多信息。科学家们最近开发了一种新的技术手段，可称为相互作用体捕获手段，用于识别细胞中的活性RBPs。利用紫外线交联RBPs与RNA聚合物，并通过寡聚dT磁珠共价结合蛋白质。经过清洗后，再通过质谱检测结合蛋白。此实验 ...; 个人分类: 蛋白质组学|9620 次阅读|没有评论

【方法篇】不同处理方法对质谱分析互作蛋白的影响: 崔蕴博 2019-5-8 11:24; 特殊名词： AP-MS 亲和纯化-质谱联用 PPIs蛋白质-蛋白质相互作用 on-beads 对亲和珠子上结合蛋白直接进行酶切处理 elution-digestion 洗脱后溶解内进行消化 mass spectrometry interaction statistics(MiST) 质谱相互作统计 on-bead digestion in ammonium bicarbonatebuff ...; 个人分类: 蛋白质谱|6542 次阅读|没有评论

【工具篇之二】Scaffold 4软件界面初相识: 崔蕴博 2019-4-6 19:16; Scaffold设计目的是旨在帮助科学家们找到他们生物样本中的蛋白，通过利用当前搜库软件导出的文件，例如：SEQUEST®, Mascot®, MaxQuant, X! Tandem和PD等，并对这些文件进行阐释，使科学家们更容易更快捷的从大数据中获取想要的信息，比较样本之间的差异以及搜索蛋白修饰。使找寻数据更加容易，可找到部分 ...; 个人分类: 蛋白质组学生信软件|4856 次阅读|没有评论

【方法篇】S-棕榈酰化蛋白修饰质谱鉴定方法: 崔蕴博 2019-3-26 21:14; 本文1000字，阅读需要5分钟 S-脂酰化是长链脂肪酸主要是棕榈酸酯（C16:0, S-棕榈酰化）通过与蛋白质上的硫酯连接与半胱氨酸（Cys）残基共价链接。此可逆的翻译后修饰在真核生物中调节蛋白定位，哺乳动物生理学过程以及人类疾病。此处文章主要简单介绍了脂肪酸化学标记物与羟胺介导的S-脂酰化蛋白富集的整合和 ...; 个人分类: 蛋白修饰|10360 次阅读|没有评论

【思路篇】一种研究蛋白甲基化修饰新思路: 崔蕴博 2019-3-21 21:41; 此文1000字，阅读需要5分钟蛋白甲基化是一种普遍存在的翻译后修饰，并且在生物体中参与转录，信号转到与DNA损伤修复等重要过程。甲基化反应是由甲基转移酶（MTase）介导的，它将活化的甲基集团从S-腺苷-L-甲硫氨酸（SAM）转移到氮氧硫为核心的氨基酸残基上。通过对甲基化蛋白组进行全局分 ...; 个人分类: 蛋白修饰|6296 次阅读|没有评论

【喜讯篇 IF=14.28 】Aims质谱客户在《Molecular Cell》发表最新文献: 崔蕴博 2019-2-28 10:15; 2019年1月28日，Cell系列子刊《MolecularCell》在线发表了题为Pacer is a mediator of mTORC1 andGSK3-TIP60 signaling in regulation of autophagosome maturation and lipidmetabolism 的研究论文。该文主要是由浙江大学基础医学院及浙大附属第二医院孙启明课题组完成，程侠卫博士（课题组博后）是论文 ...; 个人分类: 蛋白修饰|2121 次阅读|没有评论

【分享篇】谷胱甘肽化蛋白的分析方法小结: 崔蕴博 2019-2-21 08:57; 此文1400字，阅读需要6分钟。谷胱甘肽是一种小的三肽(c- l-谷氨酰胺- l-半胱氨酸-甘氨酸)，以还原形式(GSH)或氧化形式(GSSG)存在，其中两个谷胱甘肽分子之间通过一个二硫键链接。谷胱甘肽通常被认为是维持细胞内还原环境中的氧化还原缓冲液，它保护许多类型的细胞免受活性氧（ROS），外源物质，以 ...; 个人分类: 蛋白修饰|7708 次阅读|没有评论

【方法篇】液质联用（LC-MS）结合BAP方法分析蛋白泛素化修饰: 崔蕴博 2019-1-25 14:20; 此文1300字，阅读需要6分钟。泛素化是一种高度保守的多肽（76个氨基酸组成），可通过酶机制与底物蛋白结合，存在于所有真核细胞中。通过一系列的酶级联反应，通过E3或泛素连接酶将泛素部分转移到目标蛋白。泛素连接酶不仅可以将泛素偶联到靶蛋白上，还可以进行重复组装形成多聚泛素链。此多聚泛素链的 ...; 个人分类: 蛋白修饰|3720 次阅读|没有评论

【分享篇】用体外手段分析蛋白SUMO化修饰位点: 崔蕴博 2018-12-11 10:25; 此文1200字，阅读需要5分钟。 SUMO化蛋白翻译后修饰，又称为SUMOylation，在细胞功能中起着不可或缺的作用，与DNA修复、细胞内转运、细胞信号转导和应激反应密切相关。哺乳动物细胞中比较常见的三种SUMO化修饰类型：SUMO1、SUMO2和SUMO3，其中SUMO2和SUMO3有96%的同源性，而SUMO1和其他两种修饰只有45%的序列同源性 ...; 个人分类: 蛋白修饰|6024 次阅读|没有评论

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