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【工具篇之二】Scaffold 4软件界面初相识
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Scaffold设计目的是旨在帮助科学家们找到他们生物样本中的蛋白，通过利用当前搜库软件导出的文件，例如：SEQUEST®, Mascot®, MaxQuant, X! Tandem和PD等，并对这些文件进行阐释，使科学家们更容易更快捷的从大数据中获取想要的信息，比较样本之间的差异以及搜索蛋白修饰。使找寻数据更加容易，可找到部分丢失的信息和数据，例如，可使科学家们导出未被鉴定的谱图，然后可以进行再次搜索找到特定的蛋白。
Scaffold分析流程图
先对原始数据进行搜库（使用SEQUEST或Mascot等），然后生成的文件导入Scaffold软件，如下图1：
图1
Scaffold主窗口
主窗口含有一些了的选择框，每一个窗口有各自的独特功能对数据进行分析。下图是主窗口的说明和示例，如图2所示。
图2
导航栏
主要包括文件，编辑，视窗，实验，导出，定量，窗口和帮助等选项，如下图3所示
图3
下表主要是对每一个导航栏内部内容的详细解释说明，如下表：
菜单 | 菜单指令 |
文件
| • Open—打开已经生成的SF3文件 • Merge—将不同的SF3文件合并 • Close—关闭当前窗口，常规操作按钮 • Save—储存当前文件 • Save As—储存为其他形式文件 • Save Condensed Data—储存并压缩 • Print—打印当前界面 • Print Preview—打印预览 • Exit—退出当前窗口 |
编辑
| • Copy—复制文件到其他文档. • Find—在当前界面查询 • Edit Peptide Threshold—编辑多肽可信阈值 • Edit Go Terms Options—查看GO Term • Bulk Operation—批量操作蛋白列表 • Preferences—参数设置 • Advanced Preferences—高级参数 |
视角
| • Navigation Pane— 左侧导航栏显示选项 • Switch Sample View—选择样本展示方式 • Switch Display Options—切换蛋白展示选项 • Show Entire Protein Clusters—显示表格全部蛋白组 • Show Lower Scoring Matches—显示可信度低的蛋白 • Show <5% Probabilities—显示可信度低于5%的蛋白 • Show Sample Notes—展示蛋白信息栏 • Show Hidden Proteins—展示隐藏蛋白信息 • Show GO Annotations—展示GO注释 • Navigate—导航 |
实验
| • Edit Experiment—编辑实验描述 • Edit BioSample—编辑样本名称 • Delete BioSample—删除样本 • Apply New Database—加载新的数据库 • Apply Protein Annotation Preferences—加载蛋白注释参数 • Apply Go Terms/Configure Go Annotations Sources—对样本进行GO注释加载GO数据库 • Quantitative Analysis— 定量分析 |
导出
| • Subset DATABASE— 选择导出数据 • Spectra— 导出谱图 • ProtXML— 导出XML • mzIdentML — 导出mzIdentML • Scaffold Batch— 批量导出 • Scaffold Batch Archive— 批量导出文档 • Export To Excel: 下面是导出Excel • Publication Report— 导出报告 • Samples Report—导出样本报告 • Spectrum Reports—导出谱图报告 • Peptide Reports—导出肽段报告 • Protein Reports—导出蛋白报告 • Current View— 导出当前视窗 • Complete— 导出整个报告 |
定量
| / |
窗口
| 此选项可以切换不同的窗口，然后并对窗口中特定区域进行放大切换。 |
帮助
| 帮助窗口可获取操作手册，关于内容，视窗，以及设置软件参数等提供相应参考资料。 |
工具栏介绍详情如下图所示：
符号 | 功能 |
 | Open—打开SF3文件 |
| Save—保存 |
| Print—打印当前窗口 |
| Print Preview—打印预览 |
| Copy—复制 |
| Find—查找 |
| Excel—导出Excel |
| BioSample Summarization level—生物样本分类 |
| MS/MS Sample Summarization level—质谱样本分类 |
| Quantitative Analysis—定量分析 |
| Help—寻求在线帮助 |
条件筛选面板：
显示面板
Scaffold中包括各种不同的信息，面板中的所有窗口和表格具有以下特点：
工具信息详情
用户可以将鼠标悬浮在具体的某一栏上查看其详细信息，点击F2按钮查看详细，点击Esc是关闭此窗口。
点击F2之后显示效果图：
调整每一栏和窗口的大小
鼠标点击栏之间的分割线，出现双箭头之后可以调整栏宽度
移动某一列
鼠标选中目标栏表头，然后鼠标左键点击移动至目的位置
列排序功能
可对任意一栏的表头点击后进行排序筛选
表格中进行多项选择
点击CTRL或者SHIFT用鼠标进行选择
鼠标右键菜单
选择不同的View窗口后，每一个展示面板点击鼠标右键都有不同的子菜单出现，例如Protein View中三个不同的子展示面板：
示例1
示例2
图表特殊功能
某些图表具有放大和缩小功能，双击之后回复初始状态。
待续未完.
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