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BioPerl 安装

已有 2530 次阅读 2015-4-4 01:20 |系统分类:科研笔记

前面关于R代码的坑还没有填完,又开挖一个新坑。


OS 系统 Terminal 打开既能运行Perl


参考下述博文:

http://blog.sina.com.cn/s/blog_5404ea4f0101ehj9.html

安装BioPerl


以下记录几项注意点:

perl Build.pl #此处pl必须为小写

这个命令执行时间相当长,过程中不断的选择y进行操作的确认,某些步骤需要对安装内容行选择,大体是all或者以上全部

./Build test
./Build install


升级版

Terminal


$ CPAN

cpan>o conf prefer_installer MB

cpan>o conf commit

cpan>q


cpan>d /bioperl/   #查询到需要的版本

cpan>install  (此处为版本号)


BioPerl 安装不光需要核心模块,要求 bioperl-db, bioperl-run。如果有深度使用Bioperl的需求,最好在刚开时的时候,把这几个模块dou 安装上。



https://blog.sciencenet.cn/blog-1880783-879674.html

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