与“不同的 m⁶A 位点结合不同的 DF 蛋白”的主流观点不同，该研究人员发现，所有 m⁶A 位点与三个 DF 蛋白都以基本相似的方式结合，它们以冗余的作用方式诱导同一子集的 mRNA 降解，没有证据表明它们能直接促进翻译。

Reader  直接识别和结合 m⁶A 位点，使 m⁶A 修饰的 RNA 发挥特定的作用，主要包括 YTHDC1、YTHDF1、YTHDF2、YTHDF3 等。

YTHDF：一种 m⁶A “阅读器”，即 Reader。胞质中的 YTHDF 家族包括了 YTHDF1、YTHDF2 和 YTHDF3 三种旁系同源物 (paralogs)，也可以简称为 DF1、DF2、DF3。据报道，三种 DF 有不同的功能，DF1 促进 mRNA 的翻译，DF2 促进 mRNA 的降解，DF3 促进翻译和降解。

首先，研究人员观察 DF1 和 DF2 YTH 结构域与含有 m⁶A 的 RNA 的结合，发现在整个转录组中，DF 蛋白结合 m⁶A 的氨基酸以及结合近端的氨基酸都是保守的，因此三个 DF 蛋白与 m⁶A 结合的结构机制是相同的。

为了确定每种 DF 的结合偏好，研究人员通过全转录组 iCLIP 图谱，检测了 HEK293T 细胞内源性表达的 DF1、DF2 和 DF3 的结合位点，分析发现三种 DF 结合位点序列亚基序的偏好相同。再结合已报道的 PAR-CLIP 数据，发现即使用不同的细胞系和不同的 CLIP 方法，DF 旁系同源物的 RNA 结合基本相同。因此， DF 旁系同源物的 m⁶A 结合模式相同。

图 3. DF 蛋白与 m⁶A 结合位点的转录组分析

但是，不同的 DF 如何对 m⁶A-mRNAs 发挥不同的分子效应这个问题仍未解决，研究人员又分析了 DF 旁系同源物之间的效应区域差异，以及它们的相互作用蛋白 (不同的 DF 蛋白可能通过与不同的蛋白相互作用介导其不同的功能)。结果显示，DF 旁系同源物的序列、功能域、相互作用蛋白和细胞内定位都高度相似。

此外，研究人员还发现 DF 蛋白与降解有关的因子相互作用可信度较高，与翻译相关的因子相互作用可信度较低。

根据已有报道，研究人员考虑到每种 DF 蛋白都有介导 m⁶A-mRNA 降解的可能性。于是，他们利用 siRNA 选择性敲降 HeLa 细胞中的 DF1、DF2 和 DF3，使用 RNA-seq 检测 mRNA 的丰度，证实是 DF2 影响了 m⁶A-mRNA 稳定性，而非 DF1 或 DF3。

图 4. DF 蛋白冗余地控制 m⁶A-mRNA 的丰度和稳定性

任何的 DF 旁系同源物基因沉默都不影响 HeLa 细胞中 mRNA 的翻译效率，即使是 DF 三重敲降也没有显著降低翻译效率。因此，任何一种 DF 同源旁系物都不能直接增强 mRNA 的翻译，相反的，它们的主要作用是介导 m⁶A-mRNA 降解。

图 5. DF 蛋白冗余地抑制白血病细胞的分化