导读：以带基因连线的联合热图展示配体和受体的表达及互作信息，一张图融合表达信息、互作关系，便于快速锁定关键信号对。

《Journal of the American Society of Nephrology》文章Advantages of Single-Nucleus over Single-Cell RNA Sequencing of Adult Kidney: Rare Cell Types and Novel Cell States Revealed in Fibrosis. Fig 4F以双热图展示配体（左）与受体（右）在9种细胞群中的特异性表达（红高，青低），中间连线标示互作关系。一张图同时整合了表达丰度、细胞来源、已知（Bmp6等）及新型（Sema3c等）信号通路，便于快速跨细胞群比较并直观锁定关键配体-受体对。除了可以用于单细胞结果可视化外，还可以用于多组学联合分析结果可视化，例如转录组和代谢组等。

注：该图有点小bug，基因和点没有准确对齐，微生信网站修复了这个小bug。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_ligand_receptor_dual_heatmap_with_links_297

 图2.绘图页面

2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据包括3部分：

左侧热图数据：第一列是基因名，其余列是不同细胞群中配体基因的表达值，应包含 1 列基因名 + 至少3 列表达数据，以保证z-score转换的有效性。

右侧热图数据：第一列是基因名，其余列是不同细胞群中受体基因的表达值，应包含 1 列基因名 + 3 列或以上表达数据列，以保证z-score转换的有效性。

中间互作数据：第一列是左侧配体的基因名；第二列是右侧受体的基因名。其中第一行的Ligand和Receptor分别是左侧热图和右侧热图的标题

注：左右热图的行数（或列数）可以相同也可以不同

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查结果.

 注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。建议每次提交前先进行输入检查。

4，选择参数

图6.绘图参数

图片大小

设置了图片宽度，图片高度参数

颜色

设置了左、右热图的低、中、高三种颜色，中间左右两列点的颜色，连线颜色跟随点的颜色从左到右渐变

各部分宽度和高度

设置了左侧热图，中间点和连线，右侧热图3部分的宽度，根据数据的不同列数调整为合理的比例

设置了热图高度参数，用于控制热图的高度（左、右热图高度一致，但行数可以相同也可以不同），需要配合图片高度参数使用

图例

设置了图例最大值参数，用于控制热图的颜色深浅，越大颜色越浅。默认为2，即热图colorbar的刻度是[-2,-1,0,1,2]，对称分布

图例的水平位置，垂直位置参数用于对colorbar的位置进行微调

基因名到点的距离

设置了左侧基因名到左侧点的距离，右侧基因名到右侧点的距离，值越大，点距离基因名越远（点越靠中间）。用于对中间两排点的位置进行微调。

字体大小

分别设置了行名（基因名）的字体大小，列名（细胞类型）的字体大小，热图标题（Ligand和Receptor）的字体大小，图例z-score的字体大小，图例刻度的字体大小

热图列名旋转角度：用于控制列名文字的角度

左右空白宽度：当列名进行旋转时，增加空白宽度可以避免列名文字被截断

中间连线类型

可以选择渐变直线或者渐变曲线

网格线

选择显示热图的白色网格线时，视觉上更能区分不同行，不同列

字体

设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约5s后，会在页面上显示带连线的联合热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。

 图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator，inkscape等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字、图像元素位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

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