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在线绘制带分组的圆圈热图以展示数值变化

已有 306 次阅读 2026-1-20 10:26 |系统分类:科研笔记

导读:《广雅》有云:“玦(jué)如环,缺而不连”。让热图化身为首尾相望的圆环,在有限的空间里,让元素如星辰般环列延展。这是科学与美学的共舞:以“不完整”的形态,承载更完整的生物医学故事。fig1.png

                                               

《iScience》文章Multi-trait association analysis reveals shared genetic architecture between lung cancer and cardiometabolic diseases. Fig 2A的圆形热图(Circular Heatmap)展示了遗传相关性信息。内圈矩形的颜色和数字表示相关性,*表示统计显著性:∗ p < 0.05,∗∗ Padj < 0.05。外圈表示各个指标的类别。圆形热图是一种高效的多维数据可视化工具,通过极坐标系统将数据映射为环形色块矩阵。它在有限平面内最大化信息密度,同时利用颜色梯度与扇形分区直观揭示数据模式,兼顾空间效率与视觉辨识度。

1,打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_circle_heatmap_with_labels_and_groups_plot_288 

fig2.png

图2.绘图页面

2,示例数据

点击图片上方的示例数据,下载,并使用excel打开。

fig3.png

图3. 示例数据

 示例数据包括4列(D列可选)

数据为3列:第一列是基因,或者其他特征,例如各种生化指标等;第二列是相关性,有正有负;第三列是p值或者FDR等。

数据为4列:第一列是基因,或者其他特征,例如各种生化指标等;第二列是相关性,有正有负;第三列是p值或者FDR等;第四列是分组。

注:也可以绘制例如log2fc,甲基化Δβ等数据

3,输入检查

示例数据:点击输入框下面的“示例2”按钮,将载入示例数据。

真实数据:数据放在excel中,调整好后,Ctrl+A选中数据,Ctrl+C拷贝,Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

fig4.png

图4. 载入数据,输入检查(示例2)

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过,请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤,直到检查通过(如下图所示),然后可以继续选择其他参数。

fig5.png

图5.输入检查结果

注:输入检查是新添加的功能,它会根据不同模块的输入要求,逐行逐列检查输入数据,并给出提示,以确保数据符合模块输入要求。

4,选择参数

fig6.png

图6.绘图参数

图片大小

包括图片宽度和图片高度 

colorbar颜色

内圈数值对应的颜色,低、中、高三种颜色渐变

分组颜色

外圈分组的颜色,按照分组在数据中出现的顺序,默认6种自定义颜色,超过6种则使用系统默认的颜色

字体大小

设置了图上所有区域文字的字体大小,包括:外圈字体大小,内圈字体大小,图例标题字体大小,图例文字字体大小等

角度:

起始角度:10°,约1点钟方向,顺时针绘图。

结束角度:绘制到什么位置,例如绘制到100°,约是1/4圆周,绘制到190°,约是1/2圆周,绘制到360°,约是整个圆周。

整体选装角度:调整缺口的位置,设置为正值,则逆时针旋转;设置为负值,则顺时针旋转。可以配合结束角度进行微调。

组间间隔角度:控制分组间的间隔角度,0则无间隔,有数值时,按照该角度间隔分组

字体

设置了期刊杂志中最常用的两种字体:Times New Roman和Arial。如需使用其他字体,可以下载pdf或者svg图片,然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5,提交出图

检查通过,并且参数选好后,点击“提交”按钮,约2s后,会在页面上显示圆形热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图,png、tiff两种标量图供大家下载使用。

fig7.png

图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator等软件编辑矢量图(pdf或svg),进行组图,调整文字、图像元素位置,字体,添加说明等操作,以满足个性化需求。fig8.png

 图8.其他样式图

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