导读：当热图褪去方正的色块，化为一片星罗棋布的圆形矩阵，数据的呈现便瞬间轻盈而灵动。

《Phytomedicine》文章Cannabidiol improves cognitive impairment after traumatic brain injury by attenuating neuronal oxidative stress and apoptosis via the SET/PP2A/Akt signaling axis. Fig 2A的圆点热图展示了三组间差异基因的表达情况，红色表示表达相对较高，蓝色表示表达相对较低。此图不是以常规的小矩形展示热图，而是使用圆点来展示，星罗棋布，令人耳目一新。

1，打开作图URL

https://www.bioinformatics.com.cn/plot_basic_special_shape_heatmap_289

图2.绘图页面

 2，示例数据

点击图片上方的示例数据，下载，并使用excel打开。

图3. 示例数据

示例数据是矩阵形式。

第1行是组名

第2行是样品名，不能有重复

第3+行是每个基因在每个样品中的表达值，基因名不能有重复，同时不能有空的单元格

3，输入检查

示例数据：点击输入框下面的“示例”按钮，将载入示例数据。

真实数据：数据放在excel中，调整好后，Ctrl+A选中数据，Ctrl+C拷贝，Ctrl+V将数据粘贴到输入框中。

图4. 载入数据，输入检查

然后使用输入框下面的“输入检查”按钮先对输入数据进行检查。若检查不通过，请根据检查提示重复【修改-输入检查】步骤，直到检查通过（如下图所示），然后可以继续选择其他参数。

图5.输入检查结果

注：输入检查是新添加的功能，它会根据不同模块的输入要求，逐行逐列检查输入数据，并给出提示，以确保数据符合模块输入要求。

4，选择参数

图6.绘图参数

图片大小

包括图片宽度和图片高度。由于每个小圆点的长宽是固定的，因此若图片设置太小则会被截断，不会按比例缩放至指定大小 

colorbar颜色和名字

提供了低、中、高三种颜色的渐变

colorbar名字：如果选择zscore转换，则默认是zscore；如果不选择zscore，则按照页面上填写的名字

分组颜色

热图顶部分组的色块颜色，按照分组在数据中出现的顺序，默认最多绘制6组

文字/字体大小

设置了组名字体大小，旋转角度，基因名字体大小，圆点上标注数值的字体大小（默认两位小数）

角度和大小

设置了内部形状的相对大小，数值越大，则圆点半径越大

形状旋转角度：针对三角形，菱形等，可以对形状进行旋转，例如针对三角形时，通过调整旋转角度，可以让顶点朝上，或者朝下

数据zscore转换

默认对数据进行zscore转换；选择原始值时，不进行转换 

形状

设置了三角形，菱形，正方形，五边形，六边形，圆形，椭圆等供选择

行聚类、列聚类

设置了是否进行行或者列的聚类

分隔（split）

设置了按照组进行列分隔；设置了按照指定的个数进行行分隔，也就是根据聚类情况，使用灰色的线分别框起来

标注数值

是否在圆点上标注数值。若选择了zscore转换，则标注的是zscore的值；若选择的是原始值，那么标注的就是原始值

字体

设置了期刊杂志中最常用的两种字体：Times New Roman和Arial。如需使用其他字体，可以下载pdf或者svg图片，然后使用acrobat illustrator或者inkscape进行编辑修改

5，提交出图

检查通过，并且参数选好后，点击“提交”按钮，约3s后，会在页面上显示圆点热图。我们提供了pdf、svg两种矢量图，png、tiff两种标量图供大家下载使用。

图7.预览图

请使用Acrobat Illustrator等软件编辑矢量图（pdf或svg），进行组图，调整文字、图像元素位置，字体，添加说明等操作，以满足个性化需求。

 图8.其他形状热图（三角形，菱形，五边形，六边形）

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