作为中心法则的末端产物，蛋白质（Protein）是组成人体一切细胞、组织的重要有机大分子。可以说，没有蛋白质就没有生命，它是生命的物质基础，也是行使生命活动的主要执行者。在生命活动过程中，蛋白质通常与其他蛋白质结合，共同实现特定生物功能，这种结合被称为蛋白质互作（Protein-Protein Interaction）。众多蛋白质互作关系就构成了蛋白质互作网络，该网络是研究生命活动的重要点之一。

根据百度百科词条（https://baike.baidu.com/item/蛋白质互作网络/22243895?fr=aladdin）可以发现：蛋白质互作网络参与生物信号传递、基因表达调节、能量和物质代谢及细胞周期调控等生命过程的各个环节。系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对于了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。

既然蛋白质互作很重要，因此相关的蛋白质互作数据库多达几十种。这么多数据库，作为基于蛋白质互作网络的下游分析者，如何选择数据库是必然面临的问题。前面说了那么多，下面就推荐2款很香的蛋白质互作数据库：ConsensusPathDB（http://cpdb.molgen.mpg.de/，图1）和HuRI（http://www.interactome-atlas.org/，图2）。

图1 ConsensusPathDB主页

图2 HuRI主页

首先，ConsensusPathDB数据库算是航母级的综合数据库了，它整合了31个其他蛋白质互作公共数据库，目前共收集了616,304条蛋白质互作关系。该数据库混合了计算机预测型和实验验证型两种类型的蛋白质互作关系。

其次，HuRI数据库是2020年才出来的人类蛋白质互作组参考数据库，里面收集和产生的64,006条蛋白质互作关系具有高置信度。因此，该数据库可以作为蛋白质互作关系的基准数据库。

后话

如果想要尽可能多的收集蛋白质互作关系作为先验信息，那么就选择ConsensusPathDB。如果想要收集高置信度的蛋白质互作关系作为先验信息，那么就选择HuRI。

参考文献与链接：

[1] Herwig R, Hardt C, Lienhard M, Kamburov A. Analyzing and interpreting genome data at the network level with ConsensusPathDB. Nat Protoc. 2016;11(10):1889-1907. doi:10.1038/nprot.2016.117

[2] Luck K, Kim DK, Lambourne L, et al. A reference map of the human binary protein interactome. Nature. 2020;580(7803):402-408. doi:10.1038/s41586-020-2188-x

[3] https://baike.baidu.com/item/蛋白质互作网络/22243895?fr=aladdin

[4] http://cpdb.molgen.mpg.de/

[5] http://www.interactome-atlas.org/

以往推荐如下：

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7. ​卡片式笔记工具：Roam Research

8. ​国外知乎：Quora

9. 生信问答平台：Biostars

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