真菌的命名和其他生物的命名类似，均普遍采用国际通用“二（双）名制命名法”。这种命名法是由瑞典博物学家林耐在其《植物的种》所创立，并在1758年得到完善的，很快被世界各国所采用。对于科研工作者来说，掌握物种命名的基本规则，对于正确理解和合理使用拉丁学名是很有必要的。

国际命名法规明确规定，每种物种只能有一个有效学名。学名由两个拉丁词或拉丁化形式的词构成，第一个词为属名，代表该种所属的分类地位，属名是一个名词；第二个词为种加词，用来区别同一属中各个特定的种，种加词常为性质形容词，用来形容那个名词；一个完整的拉丁学名，除有属名和种加词之外，在最后应加上命名人，如命名人的姓太长，则应按规定缩写。要注意的是属名和种加词都应斜体表示，如槭侧耳的拉丁学名为：

Pleurotus acerinus Fr.

第一个词Pleurotus为属名，意为“侧生的”、“位于侧边的”，指该属子实体的菌柄为侧生或偏生；第二个词acerinus为种加词，由acer（槭树）＋ - inus（加在名词之后以形成形容词的词尾）构成，指本种生于槭树上，意译为槭侧耳、槭生侧耳；Fr. 是瑞典分类学家Fries的缩写。

如果一个学名由两个人同时命名，则在两个命名人缩写之间用“et”（和、以及）或“&”连接。如粗柄羊肚菌的学名：

Morchella crassipes Schwein. & Cooke

如果一个学名来后又被他人重新命名，则将原命名人的姓名缩写放在括号内，后面加上重新命名人的缩写。如原先被命名为香菇属的爪哇香菇Lentinus javanicus Lév.，后被R. Singer重新组合到侧耳属，命名为爪哇侧耳Pleurotus javanicus（Lév.）Sing.，后者为有效学名，前者为该种的异名。为了表示这两个学名的关系，必要时可按下列方式书写：

Pleurotus javanicus（Lév.）Sing.= Lentinus javanicus Lév.

若在两个命名人之间用介词“ex”（由，从）连接，则表示前者的命名未曾合格发表，而后者是合格发表者，表示后者是根据前者重新命名；如果需要缩写，则应保留合格发表者的命名人的缩写。如：

Pleurotus porrigens （Bers. ex Fr.）Gill.= Pleurocybella porrigens（Fr.）Sing.

由于菌物命名起点日期由原来规定提前至1753年5月1日，但对Persoon和Fries认可的名称具有特殊地位予以保护，称为保护名称，在两个命名人缩写之间用“：”连接。如黄毛侧耳Pleurotus nidulans（Pers.∶Fr.）Gill.，但在较早的文献上，命名人也被写成（Pers. ex Fr.）Gill.。

如果是变种，应在种加词后加变种的缩写“var.”，其后再写变种的词和命名人。如阿魏侧耳Morchella esculenta var vulgaris Pers.,。

对于真菌而言，无性型和有性型可以同时有学名的存在，即一个物种存在两个拉丁学名，如：Fusarium moniliforme (有性型为: Gibberella fujikuroi)，Bionectria ochroleuca (无性型为: Clonostachys rosea)。

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