[TOC]

一年一度的影响因子又发布了，各种影响因子汇总的文章瞬间刷爆了朋友圈。

作为本领域的专业公众号，一直想找介绍系统介绍一下本领域的杂志，借此机会，来简介一下本领域的杂志、影响因子和分区，为同行阅读文献的选择、杂志投稿、毕业升职加薪助力。

2018我要实现自己一个小目标，许愿吧！！！

综合类

自然 Nature

期刊简介：IF(2018): 41.577； 中科院一区；周刊；年文章数879篇。

期刊网址：https://www.nature.com/

点评：公认最顶级的综合期刊，影响因子多年稳定在40左右，一直位于CNS之首，近年来微生物组文章多次成为封面，也是同行神往的杂志。但一年仅800多篇的位置，来自全球所有领域的竞争，发表一篇还是相当困难的。其拒稿率有多高，相信感受过其投稿被拒的同行们应该深有体会。

Nature还是比较喜欢菌群研究论文的，近一年来我们收到最后的解读投稿就来自本杂志，相关链接如下：

• Nature替宠物正名：宝宝身体好，猫狗不可少！
• Nature: 培养组学—高通量细菌分离培养鉴定
• Nature综述：宏基因组关联分析
• Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡
• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性
• Nature：人类肠道微生物组的肠型
• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压
• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫
• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成
• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象
• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌
• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应
• Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征

而且这些全是纯Nature的文章，如果加上其子刊和综述类，占比可达本公众号涉及文章的一半以上，可见Nature系统在本领域的统治地位般的影响力。

下段引自genemedical上对CNS的评论，感觉很有意思分享给大家

作为三种相互独立的期刊，新词“CNS”已经成为科研工作者，包括学生、技术员、教授口中出现频率最高的词汇之一。在这里没有列出它们的影响因子，因为列出来也毫无意义！诸君估计会问：为什么毫无意义？是因为在乎它们影响因子的人永远也发不了CNS，而能发CNS的人肯定也不在乎其影响因子了。这三个期刊的威力，可以说是能让一个民工瞬间晋升为博导的神器。三者之间的对比，无论它们是20分、30分、抑或是40分，都没有太大区别，其名字本身就是碾压了SCI影响因子的存在。虽然我等可能终身无望发表，但也无碍于我们对它们进行憧憬，就如同笔者虽然买不起“百达翡丽”，但也可以去专柜欣赏把玩一番。CNS虽然都高大上，但是其风格还是各有侧重。从篇幅上来说，Cell篇幅最长，Nature次之，Science最短。其中Cell读起来最为畅快，故事完整，逻辑清晰，思路缜密，意义重大，而Nature和Science，通常正文只有2-3页，3-4组图，其篇幅偏短，字体偏小，晦涩难懂，让人感觉每一句话都暗藏玄机，读起来浑身不爽。通常还要打开几十页的补充材料，与正文相互比证，短短的几页文字阅读时间通常比十几页的Cell还要长。至于CNS的投稿要求，笔者就不展开介绍了，以免美捷登认为我有骗取稿费之嫌。

自然系统等级简介

首先要知道，自然杂志是一个多达50本杂志的出版集团，自上而下分为五个等级体系，每一级如果被拒稿可依次往下申请转稿。

1. 自然。综合期刊，接受最顶级的研究，同时要考虑非同行的读者可以阅读的要求。每年平均800篇文章，版面极稀缺。
2. 自然子刊(Nature XXX)。XXX代表专业领域顶级期刊，影响因子范围10 - 40，只是学科不同，但不影响其作为各领域顶级期刊的地位。虽然自然生物技术前几年引影响因子高于自然，但很多文章仍是自然拒稿转投的产物。自然主刊的认可度和传播影响是其它杂志无法比拟的。
3. 自然通讯(Nature Communication)。开创性研究成果，主要承接自然及子刊拒稿的顶级研究。开放获取，但收取出版费(虽然子刊有可能没有通讯IF高，但定位是高于通讯的)。影响因子稳定，发稿量年均3000多篇，包含有中国研究机构的文章达500多篇。
4. 通讯系列(Communications XXX)。承接自然子刊和通讯拒稿，要求有一定创新性研究成果，今年刚开始发行，最早也要2021年才会有影响因子，预测影响因子会在6-10分之间，其中与我们相关的通讯生物(Communications Biology)很可能在8分以上。https://www.nature.com/commsbio/
5. 科学报告(Scientific Reports)。即能承接上面4级筛选后的文章，肥水不流外人田；又可以抢占开放获取市场巨大的蛋糕，文章只要求科学性，不要求创新性，接收率60%。年发表文章2万多篇，仅16年包括有中国单位(包括中国机构主导和参与)文章7700多篇。要知道每篇文章的出版本费高达人民币1.12万元，2万篇文章的资金流水可达2亿多元。
   https://www.nature.com/srep/

虽然目前自然出版集团杂志种类不多，但占领了各领域的高端用户，并作凭借其影响力，火力全开吸纳中低端用户，5级金字塔模式——精确满足不同层次客户，在科研领域的影响力无人能比。

科学 Science

期刊简介：IF(2018): 41.058; 中科院一区；周刊；年文章数806篇。

期刊网址：http://www.sciencemag.org/

点评：顶级的综合期刊，生物领域CNS三巨头之一，文章正文篇幅短小，题材偏科普，要求受众广泛。影响因子逐年上升，看来照顾非专业读者才更有前景，近年来微生物组文章多次成为封面，也是同行神往的杂志。如上图左1的封面即为中科院微生物所王军老师一作的代表性研究。

Science也比较喜欢菌群研究，本平台导读过如下相关成果：

• 哈扎人菌群季节变化——3分和30分文章差距在哪里？
• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！
• Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生
• 尸体死亡时间预测——16S+功能预测发Sciences

细胞 Cell

期刊简介：IF(2018): 31.398; 中科院一区；双周刊；年文章数701篇。

期刊网址：https://www.cell.com

点评：生物领域顶级期刊，CNS三巨头之一，文章正文篇幅长，要求机理解析清楚，学术性非常强，插图摘要(Graphic Abstract)是其杂志的一大特色，影响因子稳定在30左右。

今年三月推出的菌群专刊上(上图左1)，让无数同行为之疯狂：

• Cell：22篇微生物文章为微生物组打Call

本平台导读过如下相关成果，4篇全是综述：

• Cell综述：人与肠道菌群休戚与共的一生
• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法
• Cell：代谢控制中的脑肠轴
• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？

为什么我们没有推送过Cell文章的Aritle文章？因为文章太长，无论是编辑整理，都不太适合大众阅读。在文献科普导读领域，有热心肠己经非常专业了，有更深层次需求的专业人士，自然会仔细阅读原文。

美国科学院院报 PNAS

期刊简介：IF(2018): 9.504； 中科院一区；周刊；年文章数约4000篇。

期刊网址：http://www.pnas.org/

点评：其全称为 Proceedings of The National Academy of Sciences of The United States of America。曾经是综合期刊类影响因子世界第三，现己被后起之秀Nature Communication、Science Adavances等新兴期刊超越。但其强大的院士编委团队、总引用量还是可以和CNS比肩的。比较有特点的是院士贡献机制，每位美国科学院院士(包括外籍)每年最多可使用三次Contribute的机会，即采用审稿人指定两位同行院士直接审稿的机制。有人认为Contribute有灌水嫌疑，也有人认为此类文章更有价值(用人单位更愿意选择有多篇Contribute PNAS的作者作为引进人才，正是看中你院士导师对你的认可，和他强大的院士朋友圈，万一投稿不顺还可以求助前老板发动技能来个PNAS保底)。

值得注意的是，综合杂志上发表的生物学文章，一般真实引用都是高于杂志影响因子的(因为生物圈子足够大，学科交叉强，需要引文偏多三大原因)，都是杂志中拉分的主力。如我们报导过的下面这篇文章，发表不到三年，引用297次，比Nature平均引用还高一倍。

• PNAS：水稻微生物组

微生物组领域

ISME Journal

期刊简介：Nature子刊，全称Multidisciplinary Journal of Microbial Ecology(微生物生态交叉学科杂志)，IF(2018): 9.520； 中科院一区；年文章数346篇。微生物领域老牌顶级杂志，近5年发稿量和影响因子非常稳定。

期刊网址：http://www.nature.com/ismej/index.html

微生物组 Microbiome

期刊简介：IF(2018): 9.133; 中科院一区；年文章数69篇。

期刊主页：https://microbiomejournal.biomedcentral.com/

本领域我个人最喜欢专业期刊，名字起的好，发展没烦恼。当年我们创办公众号就想注册微生物组这个名字，结果被人抢注了。只能退而求其次选择了宏基因组。

本杂志获得影响因子仅有3年(微生物组兴趣也没几年)，发文量不多，但在同行中影响很大，我们也导读过其多篇文章，偏方法多一些，估计将来会稳中有升：

• Microbiome: 室温存储样本方法比较
• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节
• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法
• Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律
• Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组
• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压
• Microbiome：重新定义“卫生”概念
• MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究
• Microbiome: 16S rRNA基因拷贝数应该被校正吗？

mBio

期刊简介： IF(2018): 6.689; 微生物学(二区)。近五年文章数稳定在480左右，影响因子也稳定于6以上，审稿周期平均1.4个月，由美国微生物学会主办。

期刊主页：http://mbio.asm.org/

微生物学前沿 Frontiers in Microbiology

期刊简介： IF(2018): 4.019; 微生物学 ( 二区 )，年文章数2200篇，影响因子稳定在4以上，审稿周期平均1.8个月。由于其巨大的发行量，我们平时会经常看到它的文章，近年来我国占比猛增，如16年有438篇。

期刊主页：http://journal.frontiersin.org/journal/microbiology

CNS子刊

自然生物技术 Nature Biotechnology

期刊简介：IF(2018): 35.724; 中科院一区；年文章数455篇。

原来一直40以上，今年跳水，但绝对不错影响它作为生物领域技术一哥的行业地位。

此刊也发表有大量本领域的方法、软件、测评的文章，一年内我们报导了5篇之多：

• PICRUSt——16S预测宏基因组
• DNA提取也能发Nature？
• NB：实验vs分析，谁对结果影响大
• Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长
• Nat. Biotechnol.: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

自然方法 Nature Methods

期刊简介：IF(2018): 26.919; 生物化学研究方法 ( 一区 )；年文章数300篇左右。

方法学神刊，影响因子在30左右波动，生物学软件方法、评测类文章能发于此，是很多同行的追求(极少数可发NB，但可望而不可及)，此杂志要求不仅要软件好用，更要结合具体科研项目提供新的发现。下有两篇我们介绍过的文章，分别为软件评价，和比对较件：

• Nat. Methods: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集
• 不比对快速估计基因丰度Salmon

Salmon是一个能看出平台重要性的例子。同一个软件在bioRxiv上两年多才引34次，发布在Nature Methods上几个月就引用64次。单位时间差距至少5倍以上，所以好方章有好的宣传平台，影响力不言而喻。

自然综述微生物 Nature Reviews Microbiology

期刊简介：IF(2018): 31.851; 微生物学 (一区)；年文章数150篇。随着微生物组领域大热，该杂志近5年影响因子持续走高，今年直接提高5分。可见微生物组领域的大热势不可挡。

作为连续走高的30分以上综述，确实篇篇给力，只要和你的研究相关，确实值得精读，一篇顶百篇，超级系统的入门材料，系统文献一网打尽。还不知道如何入行的，快找两篇和你相关的文章，读懂读透，可最高效入行。本平台报导过如下三篇：

• Nature综述：微生物构成的氮循环网络
• Nat Rev Microbiol: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性
• Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

自然微生物 Nature Microbiology

期刊简介：IF(2018): 14.078; 微生物学 (四区，因为之前没有IF，今年重评肯定回1区)；年文章数132篇。随着微生物组领域大热，自然杂志虽然已经有ISME统治微生物领域，但也继续发力创办了微生物学子刊，该杂志今年首次获得影响因子即破14，将来稿源会更加充足，水平有望进一步提升，直接填补了本领域从40分(CNS)到9分(Microbiome、ISEM J)中间的空白地带。会与Cell Host & Microbe竞争专业第一的位置，且稿件研究内容更广泛。

在已经有Nature Reviews Microbiology的条件下，该杂志仍继续约大牛发综述，保证其影响因子处于高位。

• Nature综述：肠道菌群如何划分肠型
• Nat. Micro：植物根系分泌物影响菌群结构
• Nat. Micro.: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？

自然通迅 Nature Communication

期刊简介：IF(2018): 12.353; 中科院一区；年文章数3685篇。

影响因子缓慢持续走高，而其中的生物学文章更是高手中的高手，是杂志保护12+的拉分能手。如：

• NC：16S序列预测培养基配方
• Nat. Commun.：降低微生物群落复杂度突破组装难题

其它自然子刊

自然子刊的成员非常之多，但定位均高于Nature Communication，虽然有些子刊影响因子低于NC，但也是有被拒后转稿至NC的机会。

下方再简介三个我们报导过菌群文章的相关子刊

Nature Medicine：IF(2018): 32.621; 中科院一区；年文章数303篇。

• Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？

Nature Genetics：IF(2018): 27.125; 遗传学 (一区)；年文章数310篇。

• Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文

Nature Plant：IF(2018): 11.471; 植物学 (一区)。 曾经的植物学霸主Plant Cell目前只有8.228。

• Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

环境科学

水研究 Water Research

期刊简介： IF(2015-2016): 7.051; 二区，年文章数651篇，审稿周期平均2.0个月。

期刊主页：https://www.journals.elsevier.com/water-research/

环境科学与技术 Environmental Science & Technology

期刊简介： IF(2018): 5.869; 二区，年文章数1,47。

期刊主页：https://pubs.acs.org/journal/esthag/

环境微生物 Environmental Microbiology

期刊名称：Environmental Microbiology

期刊简介：IF(2018): 4.974; 微生物学 (二区)，月刊；年文章数500篇。

期刊网址：http://onlinelibrary.wiley.com/journal/10.1111/(ISSN)1462-2920

医学顶级期刊

医学领域四大神级医学周刊是我们医学生的梦想。其按照影响因子出场如下：

• New England Journal of Medicine (NEJM, 79.258, 新英格兰医学杂志)
• Lancet (Lancet, 53.254, 柳叶刀)
• Journal of the American Medical Association (JAMA, 47.661, 美国医学协会杂志)
• British Medical Journal (BMJ, 23.259, 英国医学杂志)

这四个杂志发表很多微生物的文章，但我的研究方向与医学没有半毛钱关系，个人了解不多，离我也非常遥远，话不多説。

Gut

期刊简介：IF(2018): 17.016; 微生物学 (二区)，月刊；年文章数500篇。近几年肠道菌群大热，Gut上也表达了大量菌群研究的工作，每期必须Gut Microbiota栏目，也推动了本杂志影响因子5连涨，从10分达到今年17。

下文是中科院北京生科院赵方庆团队近期作品，由一作导读和分享PPT。

• 一作解读Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康

国内杂志推荐

目前国内有很多高水平的杂志了，而且也非常关注微生物组领域的研究，有好成果发表在国内好杂志，不是更好吗？

GigaScience

期刊简介：IF(2018): 7.267; 综合学科 (二区)；年文章数50篇左右。大家亲切的称它为华大学报，关注大数据还是有钱途的。

我们报导过其中两篇，分别为数据分析框架和MWAS分析的工作，如下：

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架
• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

此外，具我所知，我们宏基因组0号群里的中农周欣教授，新加坡的李陈浩同学都在此杂志上发表过多篇高水平文章，值得关注。

Genomics Proteomics & Bioinfomatics

期刊简介：IF(2018): 6.615。中科院基因组所主办的杂志，今年首次获影响因子即破6，文章偏生信、基因组和蛋白组，非常关注宏基因组。大家亲切的称它为基因组所刊，近期还成立了中国的大数据中心GSA，无论是投稿，还是数据共享，都值得同行关注。

小编在4年前投过此杂志，审稿和后期处理速度很快，从投到接收不到一个月，其工作效率可见其前途。

Protein & Cell

期刊简介：IF(2018): 6.228。中科院北京生科院所主办的杂志，饶子和院士任主编，近5年从2.8分稳步增长，今年首次影响因子破6，上个月还组织了微生物组专刊，值得同行关注。

期刊网址：http://www.protein-cell.org/

Journal of Genetics and Genomics

期刊简介：IF(2018): 4.066。中科院遗传发育所、中国遗传学会主办的杂志，主编薛勇彪，影响因子近5年稳步增长并翻倍，今年首次破4，预计两年内可实现破5，值得同行关注。

期刊网址：http://www.jgenetgenomics.org/

Science China-Life Sciences

期刊简介：IF(2018): 3.085。中国科学生命科学，由中科院主办，李家洋院士任主编，今年影响因子破3，预计影响因子将持续走高。

目前已经开始关注本领域的研究，如今年本月的封面文章即为水稻微生物组相关工作，值得同行关注：

• 手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表

期刊网址：http://life.scichina.com

小知识：影响因子

影响因子的计算

ISI每年出版JCR期刊引用报告 (Journal Citation Reports)评估期刊的影响力。

JCR对12000多种期刊(网络版) 之间的引用和被引用数据进行统计、运算，并针对每种期刊定义了影响因子 (IF: impact factor)等指数加以报道。

影响因子计算如下：IF = (某刊前2年发表论文在该年的被引用次数) / (该刊前2年发表论文总数)

提高引响因子的十条建议

根据上面的计算公式，我们发现可以通过增大分子(引用次数)、减小分母(论文总数)来快速提高影响因子。

具体的作法有哪些呢？

1. 编辑的眼光：倾向选择将来2年内容易高引的方向和研究内容；
2. 出版平台：同样的文章在Nature大平台曝光会比在bioRxiv上引用高5倍；
3. 社交平台：宣传很重要，成果由编辑部、作者共同经tweet、朋友圈和公众号介绍给同行；文章和杂志同行没听过，如何引用你！推荐杂志社要办自己的自媒体，如公众号，更要多与一些同行大号合作，如BioArt、植物科学最前沿、热心肠先生等合作。当然我们的“宏基因组”在本领域也是有一定影响力的，欢迎同行杂志合作。
4. 开放获取：没名气还收费，不作就不会死；
5. 约稿大牛：这需要关系，发动编辑、主管领导、及二级人脉，无论什么手段，拿到高质量的稿件是最实在的东西；约大牛当guest editor：办热门领域专刊，只赚不赔；
6. 发表时间：通常发表的年初的文章，在JCR统计中更容易积累更多引用，杂志社倾向将高引年初发表，低引年末发表；
7. 口味的倾向：现在生物学交叉学科众多，如生信、软件、方法和宏基因组等热门方向，都是生物杂志应优先考虑的；
8. 综述：综述通常是比研究更容易引用的；
9. 可视化和分析软件：研究被引用频率不会太多，但通用的分析、可视化是很多人需要求，好的生物软件、在线server绝对受同行欢迎，NAR的很多引用都来自其web server专栏；
10. 减小分母：注意，有些文章是可以被引用，但并不计入影响因子计算的论文总数，如letters to the editor、comment、news、annoucement、outlook、persepctive等类型(其特点是没有摘要或参考文献的文章)不会作为可引用文献被JCR统计。将潜在低引文章转换类型，增加这些类型文章的比例，增加存在感，减少低引文章作为分母。

最后：查询文章，下载原文，引影因子和趋势分析，推荐根哥的网站 http://www.geenmedical.com ，还有国人发稿量、国人占比、中国发稿分析等特色项目，更有官网入口、投稿须知、版面费说明和投稿的链接。这样专业的整理实在是太贴心了。

杂志影响因子列表

仅列出了本领域常用的3分以上杂志列表，按影响因子排序。

注：文本版方便复制、检索。

后台回复影响因子，获得最新完整影响因子详细、中科院分区、本领域杂志影响因子详细信息。

Reference

Web of Science 需机构有权限才可访问 https://isiknowledge.com

微生物生态领域专业SCI期刊 https://mp.weixin.qq.com/s/gav_-neXagcvEUXcE8pNFg

临近毕业，微生物生态相关文章可以投稿哪些SCI杂志？ https://mp.weixin.qq.com/s/ng5TLxzv4TSbUMF7E94SpA

你该知道的杂志分区和影响因子及2018最新影响因子下载 https://mp.weixin.qq.com/s/BWn7h_fcAfjFRWAMi-nWZg

GeneMedical文献检索和投稿选刊：http://www.geenmedical.com

维基百科-影响因子 Editorial policies that affect the impact factor https://en.wikipedia.org/wiki/Impact_factor

猜你喜欢

• 10000+：肠道细菌 人体上的生命 宝宝与猫狗 梅毒狂想曲 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大  Cell微生物专刊
• 系列教程：微生物组入门 Biostar 微生物组  宏基因组
• 专业技能：生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人
• 一文读懂：宏基因组 寄生虫益处 进化树
• 必备技能：提问 搜索  Endnote
• 文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedical
• 扩增子分析：图表解读 分析流程 统计绘图
• 16S功能预测   PICRUSt  FAPROTAX  Bugbase Tax4Fun
• 在线工具：16S预测培养基 生信绘图
• 科研经验：云笔记  云协作 公众号
• 编程模板 Shell  R Perl
• 生物科普  生命大跃进  细胞暗战 人体奥秘  

写在后面

为鼓励读者交流、快速解决科研困难，我们建立了“宏基因组”专业讨论群，目前己有国内外1400+ 一线科研人员加入。参与讨论，获得专业解答，欢迎分享此文至朋友圈，并扫码加主编好友带你入群，务必备注“姓名-单位-研究方向-职称/年级”。技术问题寻求帮助，首先阅读《如何优雅的提问》学习解决问题思路，仍末解决群内讨论，问题不私聊，帮助同行。

学习扩增子、宏基因组科研思路和分析实战，关注“宏基因组”

点击阅读原文，跳转最新文章目录阅读
https://mp.weixin.qq.com/s/5jQspEvH5_4Xmart22gjMA