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Materials Studio官方教程:DFTB+——创建DFTB+参数【2】

已有 1689 次阅读 2021-10-4 16:46 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

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紧接上文:

Materials Studio官方教程:DFTB+——创建DFTB+参数【1】

3、搜索元素的电子设置

在创建DFTB+参数之前,需要确定每种元素使用的电子设置。这可以使用DFTB+生成电子参数DFTB+ Generate Electronic Parameters和DFTB+电子评估DFTB+ Electronic Evaluation脚本来完成。第一个脚本生成一组具有不同电子设置的Slater Koster库。第二个脚本可以评估库为不同结构重现电子结构的效果。在这里,将仅评估碳的设置,氢的设置可以以相同的方式进行,但考虑计算时间,将给出氢的合理值。

作为输入,需要一个碳元素的虚拟Slater-Koster库。

在Project Explorer中,创建名为Electronic的文件夹。在这个文件夹中创建一个新的3D Atomistic Document,并将其命名为C-C.xsd。使用绘制工具创建双原子碳分子。

单击Modules工具栏上的DFTB+按钮图片,然后选择Calculation或从菜单栏中选择Modules | DFTB+ | Calculation

将打开DFTB+ Calculation对话框。 

11.jpg

DFTB+ Calculation对话框的Setup选项卡

Task设置为参数化Parameterization。将QualityMedium更改为Fine

单击More...按钮,打开DFTB+ Parameterization对话框。 

11.jpg

C-C.xsd文件中选择一个原子及与之连接的化学键,单击Add按钮。

这就产生了一条拉伸分子中的C-C键的构型路径。这就是创建虚拟Slater-Koster库所需的全部信息。短程电位的精度并不重要,因为将不会使用这个库来处理任何涉及力或总能量的计算。

Electronic选项卡上,将泛函设置为GGA PBE

在DFTB+ Calculation对话框中,单击Run按钮,并关闭对话框。

参数化任务完成后,将返回库。该文件夹还包含一个.elec文件,其中包含参数化中使用的电子设置。

使用.skflib和.elec文件作为模板,可以创建一组具有不同电子设置的Slater Koster文件。在实际研究中,将分两个阶段执行此操作:首先创建一个大尺寸低精度的网格,然后在确定想要研究的区域后,创建第二个精度更高的网格。在本教程中,将使用精度较高的网格。

打开C.skflib文件。从菜单栏中选择User | Parameters | DFTB+ Generate Electronic Parameters,打开DFTB+ Generate Electronic Parameters对话框。将MinRadii1设置为2.2MaxRadii1设置为2.8MaxRadiiStep1设置为0.05,单击OK按钮。

该工具生成一组Radii1和Power的设置不同的.skflib文件。由于在Potential模式下进行,因此将不使用Radii2设置。计算完成后,结果文件夹C DFTB+ Generate Electronic Parameters中将包含SkfLib.zip文件,其中包含创建的所有.skflib文件。zip文件用于评估使用不同晶体结构的能带结构的电子设置。

建立一个名为Band structure的文件夹,将SkfLib.zip文件复制到该文件夹内。确保Band structure文件夹被选中,打开Import Document对话框,导航至Structures\ceramics,选择diamond.xsdgraphite.xsd结构,单击Open按钮。

确保diamond.xsd为当前文档,选择Build | Symmetry | Primitive Cell

打开Import Document对话框,导航至Structures\metals\pure-metals,选择Al.xsd结构。单击Open按钮。

选择Build | Symmetry | Primitive Cell。选择所有原子,并将其元素类型更改为C。将晶胞常数更改为2.0 Å。将文件重命名为C_fcc.xsd

要确保评估结构具有真实的几何构型,需对每个结构运行几何优化计算。此处,使用CASTEP模块的固定晶胞形状优化功能,以确保结构不会收敛到较低能量的结构。

单击Modules工具条上的CASTEP按钮图片,选择Calculation,或从菜单栏中选择Modules | CASTEP | Calculation。将Quality设置为Ultra-fineFunctional设置为GGA PBE。将Task更改为Geometry Optimization,单击More...按钮,打开CASTEP Geometry Optimization对话框。将Cell optimization设置为Fixed Shape,在Options选项卡中,将TPSD设置为Algorithm,关闭对话框。

应对于所有输入结构以相同设置运行几何优化计算。

使得diamond.xsd为当前文档,在CASTEP Calculation对话框中单击Run按钮。

graphite.xsdC_fcc.xsd两个结构重复此操作。关闭CASTEP Calculation对话框。

计算完成后,需要将优化的结构放置于同一文件夹中,以便对脚本进行评估。

删除原始结构文件,并用几何优化后的结构替换每个结构。

使得diamond.xsd为当前文档,在菜单栏中选择User | Script Job...,打开Script Job Control对话框。选择服务器网关、队列(如果合适)以及要在其上运行能带结构计算的CPU核数。关闭Script Job Control对话框。

在菜单栏中选择User | Parameters | DFTB+ Electronic Evaluation,打开DFTB+ Electronic Evaluation对话框。将UpperLimit设置为4.0 eV,并单击OK按钮。

这将启动脚本任务,使用DMol3和DFTB+对与当前文档位于同一文件夹中的所有结构执行能带结构计算。脚本将比较指定能量窗口的能带结构,并在数据表中返回结果。对于每个结构,数据表包含能带结构比较的平均绝对误差(MAE)和一个能带结构文件,该文件在同一图表中显示DFTB+和DMol3能带结构。最右边一列包含所有结构的MAE平均值。要找到最佳能带结构拟合的设置,可对mean (MAE)列进行排序。

打开输出的BandStructures.std数据表文件,选择Kmean(MAE),单击Sort Ascending按钮图片,按升序排序。

11.jpg

从DFTB+库评估的第一行中,可以看到,Radii1 = 2.55和N = 4对所有评估的结构拟合的效果最好。根据每个结构的MAE,对每行进行排序的结果表明Radii1的值变化较小,石墨的最佳拟合值为2.45,金刚石的最佳拟合值为2.8。

在数据表中,双击GBS(diamond)第一行中的文档。

将打开一个图表文件,其中在同一图表文件中呈现出DFTB+和DMol3算得的能带结构,能量已被平移,使得两次计算具有相同的费米能量。DFTB+可以很好地描述价带,但所计算的带隙值结果过大,是由于此处使用了极小基组。

11.jpg

在开始拟合之前,应保存项目并关闭所有窗口。

从菜单栏中选择File | Save Project,然后选择Window | Close All

【系列教程】

Materials Studio官方教程:Conformers——研究结构-能量之间的关系【1】

Materials Studio官方教程:CCDC——乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析【1】

Materials Studio官方教程:CCDC——利用CCDC和粉末衍射实验数据进行晶体鉴定

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