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Materials Studio官方教程:DFTB+——创建DFTB+参数【1】

已有 1936 次阅读 2021-10-4 16:42 |个人分类:科研干货|系统分类:科研笔记

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目的:介绍使用DFTB+参数化工具创建DFTB+参数库的方法。

所用模块:Materials Visualizer、DMol3、DFTB+

前提条件:分子绘制可视化工具(Sketching molecules Visualizer)教程

背景

DFTB+需要原子间相互作用的原子参数。Materials Studio中提供了许多参数集合。如果要使用DFTB+计算包含任何可用参数集合都不支持的原子相互作用的结构,Materials Studio提供了一个用于自行创建参数的工具。

DFTB+参数化工具创建的参数将包含在Slater Koster库文件(.skflib)中,并包含以下内容:

  • README.txt文件,包含有关参数的信息

  • Slater Koster文件(.skf)有关研究体系元素对的信息,包含:

    电子参数

    短程电位

    Hubbard

  • 元素的自旋常数

  • 每种元素的波形图数据

  • skf.aux文件包含额外的参数设置。

介绍

在本教程中,将使用DFTB+参数化工具创建碳和氢参数集合。

本教程包括如下部分:

  • 开始

  • 安装参数化工具

  • 搜索元素的电子设置

  • 准备短程拟合

  • DFTB+参数化设置:

    定义构象体系

    定义电子设置

    定义拟合设置

  • 设置计算任务控制参数并运行计算

  • 结果评估

注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。

1、开始

首先启动Materials Studio并创建一个新项目。

打开New Project对话框,输入CHparameters作为工项目名,单击OK按钮。

新项目将以CHparameters为项目名显示于Project Explorer中。

2、安装参数化工具

在开始参数化过程之前,需要安装一些脚本工具,以便在创建参数时使用。

从菜单栏中选择File丨Import。导航至Examples\Scripting\DFTB+ Parameterization Tools文件夹,选择AutoParaElec.plDFTBEvalTool.plEvalElec.plMergeSkflib.pl文件。单击Open按钮。

从菜单栏中选择Tools | Scripting | Library…。在Library选项卡中选择My Favorites,在File部分中单击Add…按钮。在Add From Project对话框中选择AutoParaElec.pl文件,单击OK按钮。重复上述操作,并添加DFTBEvalTool.plMergeSkflib.plEvalElec.pl脚本文件。

选择User Menu选项卡,单击Import…按钮。选择DFTB+ Electronic Evaluation.xml,单击Open按钮。对DFTB+ Final Evaluation.xmlDFTB+ Generate Electronic Parameters.xmlDFTB+ Merge Parameters.xml文件重复此操作。

展开User Menu选项卡上的User | Parameters节点,并确保已将所有四个命令添加到此文件夹。关闭对话框。

注意:不能在需要使用安全身份验证级别网关的服务器上运行参数化工具。有关更多信息,请参阅网关安全概述。

【系列教程】

Materials Studio官方教程:Conformers——研究结构-能量之间的关系【1】

Materials Studio官方教程:CCDC——乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析【1】

Materials Studio官方教程:CCDC——利用CCDC和粉末衍射实验数据进行晶体鉴定

Materials Studio是久负盛名计算模拟软件,问世20余年来,经过不断地迭代优化,使其功能异常强大,极易上手,初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验,备受Nature、Science等顶级期刊认可。

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