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目的:介绍使用DFTB+参数化工具创建DFTB+参数库的方法。
所用模块:Materials Visualizer、DMol3、DFTB+
前提条件:分子绘制可视化工具(Sketching molecules Visualizer)教程
背景
DFTB+需要原子间相互作用的原子参数。Materials Studio中提供了许多参数集合。如果要使用DFTB+计算包含任何可用参数集合都不支持的原子相互作用的结构,Materials Studio提供了一个用于自行创建参数的工具。
DFTB+参数化工具创建的参数将包含在Slater Koster库文件(.skflib)中,并包含以下内容:
README.txt文件,包含有关参数的信息
Slater Koster文件(.skf)有关研究体系元素对的信息,包含:
电子参数
短程电位
Hubbard项
元素的自旋常数
每种元素的波形图数据
skf.aux文件包含额外的参数设置。
介绍
在本教程中,将使用DFTB+参数化工具创建碳和氢参数集合。
本教程包括如下部分:
开始
安装参数化工具
搜索元素的电子设置
准备短程拟合
DFTB+参数化设置:
定义构象体系
定义电子设置
定义拟合设置
设置计算任务控制参数并运行计算
结果评估
注意:为了和本教程中的参数保持一致,可以使用Settings Organizer对话框将项目中所有参数都设置为BIOVIA的默认值。
1、开始
首先启动Materials Studio并创建一个新项目。
打开New Project对话框,输入CHparameters作为工项目名,单击OK按钮。
新项目将以CHparameters为项目名显示于Project Explorer中。
2、安装参数化工具
在开始参数化过程之前,需要安装一些脚本工具,以便在创建参数时使用。
从菜单栏中选择File丨Import。导航至Examples\Scripting\DFTB+ Parameterization Tools文件夹,选择AutoParaElec.pl、DFTBEvalTool.pl、EvalElec.pl和MergeSkflib.pl文件。单击Open按钮。
从菜单栏中选择Tools | Scripting | Library…。在Library选项卡中选择My Favorites,在File部分中单击Add…按钮。在Add From Project对话框中选择AutoParaElec.pl文件,单击OK按钮。重复上述操作,并添加DFTBEvalTool.pl、MergeSkflib.pl和EvalElec.pl脚本文件。
选择User Menu选项卡,单击Import…按钮。选择DFTB+ Electronic Evaluation.xml,单击Open按钮。对DFTB+ Final Evaluation.xml、DFTB+ Generate Electronic Parameters.xml和DFTB+ Merge Parameters.xml文件重复此操作。
展开User Menu选项卡上的User | Parameters节点,并确保已将所有四个命令添加到此文件夹。关闭对话框。
注意:不能在需要使用安全身份验证级别网关的服务器上运行参数化工具。有关更多信息,请参阅网关安全概述。
【系列教程】
Materials Studio官方教程:Conformers——研究结构-能量之间的关系【1】
Materials Studio官方教程:CCDC——乙内酰脲潜在多晶型的氢键分析【1】
Materials Studio官方教程:CCDC——利用CCDC和粉末衍射实验数据进行晶体鉴定
Materials Studio是久负盛名计算模拟软件,问世20余年来,经过不断地迭代优化,使其功能异常强大,极易上手,初学者只需通过简单的参数设置和点击鼠标就能完成DFT计算。其计算可靠性久经考验,备受Nature、Science等顶级期刊认可。
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GMT+8, 2024-11-15 16:21
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