PLX4720与PLX4032 （Vemurafenib）化合物的发现

Discovery of a selective inhibitor of oncogenic B-Raf kinase with potent antimelanoma activity  PNAS ，2008 ，105(8), 3041–3046

Clinical efficacy of a RAF inhibitor needs broad target blockade in BRAF-mutant melanoma  N A T U R E，2 0 1 0，467,596

基于 scaffold and  structure-based discovery of  the inhibitors. 7-氮杂吲哚母核被发现

7-氮杂吲哚是一个广谱的激酶抑制剂母核，PLX4720化合物中N7与Cys-532，N1与Gln-530分别形成氢键，吲哚环与phe583 ，Trp 531 的苯环形成pi-pi stack，5-位的氯取代与Ile-463，Trp 531形成范德华作用，双氟苯环与Ala-481, Val-482, Lys-483, Val-471, Ile-527, Thr-529, Leu-514, and Phe-583作用，活化状态下，磺酰胺上与氮原子与Asp-594主链上的NH基团形成氢键，这种作用说明磺酰胺上的氮是去质子化的，磺酰胺基团实验上确定的pKa为7.7，结晶条件为6.0。非活化态，起锚残基Asp-594 引起构象的转变，驱使A-loop区阻碍了ATP结合口袋，Phe595的苯环结构有明显的翻转，Asp 594 主链的羰基与磺酰胺的氮的质子化状态形成氢键。这些结果说明去质子化的磺酰胺基团有利于一个活化的激酶构象，晶体结构表明active or  DFG-in 构象占100%， inactive  or DFG-out 构象占60%。丙基（the  propyl group ）作用于Raf selective pocket:  this pocket is formed by residues Thr529, Leu514, Phe 595, Gly 593 and Leu 505，仔细比对两种构象的结构，主要区别在于小分子的丙基取向不一样。

Pdb ID 3OG7 （PLX4032结构）与3C4C（PLX4720）结构叠合，小分子母核重叠。

PLX4032同系物，论文简单提到药代动力学性质强于PLX4720

PLX4032-B Raf 作用方式与PLX4720 Raf 作用方式相似，也能引起C-helix shift，the salt bridge between Lys 507 and Glu 600 that helps prevent compound binding to the apo protomer  （注明：但从晶体结构来看，Lys 507 与Glu 600 的盐桥作用对抑制剂的结合影响不大，典型的基于scaffold与structure 的药物设计）